În 1961, Honecker s-a ocupat de construirea Zidului Berlinului. În 1971, a început o luptă politică pentru putere. Sovieticii l-au susținut, astfel că Honecker a devenit noul lider, sau secretar general, al Partidului Unității Socialiste, înlocuindu-l pe Walter Ulbricht. În 1976, a devenit și președinte al Consiliului de Stat (Staatsratsvorsitzender).
Sub conducerea lui Honecker a avut loc o mare îmbunătățire a nivelului de trai, chiar dacă RDG avea cel mai ridicat nivel de trai din țările din blocul estic. Au fost puse la dispoziție mai multe bunuri de consum, iar construcția de noi locuințe a fost accelerată.
Deși Honecker a fost mai atent cu oamenii în ceea ce privește bunurile și locuințele, nu a permis criticile la adresa guvernului. Cel mai evident mod în care acest lucru a fost demonstrat a fost Zidul Berlinului. Aproximativ 125 de cetățeni est-germani au fost uciși în această perioadă în timp ce încercau să treacă granița în Berlinul de Vest.
În relațiile externe, Honecker nu ar fi permis niciodată o Germanie unificată. A fost foarte loial URSS, dar a acceptat o destindere (adică a devenit mai prietenos cu țările occidentale). Sub guvernul său, Germania de Est a devenit chiar mai prietenoasă cu Germania de Vest. În septembrie 1987, a devenit primul șef de stat est-german care a vizitat Germania de Vest.
La sfârșitul anilor 1980, liderul sovietic Mihail Gorbaciov a introdus glasnost și perestroika, reforme menite să liberalizeze comunismul. Cu toate acestea, Honecker și guvernul est-german au refuzat să pună în aplicare reforme similare în RDG. Pe măsură ce mișcarea de reformă s-a răspândit în Europa Centrală și de Est, au avut loc demonstrații împotriva guvernului est-german. Cele mai mari au fost demonstrațiile de luni din 1989 din orașul Leipzig. Ceilalți lideri ai RDG au decis să scape de Honecker și l-au forțat să demisioneze la 18 octombrie 1989. Egon Krenz a preluat conducerea în locul lui.