Lecompton a fost fondată în 1854 pe o faleză de pe partea de sud a râului Kansas. La început, numele orașului a fost "Bald Eagle", dar numele a fost schimbat în Lecompton în onoarea lui Samuel Lecompte, președintele Curții Supreme teritoriale. În primăvara anului 1855, orașul a devenit capitala Teritoriului Kansas. Președintele James Buchanan a ales un guvernator și funcționari pentru a crea birouri guvernamentale în Lecompton. Primul oficiu poștal din Lecompton a fost creat în septembrie 1855.
În toamna anului 1857, o convenție s-a întrunit în Sala Constituției. Aceștia au redactat faimoasa Constituție de la Lecompton, care ar fi făcut ca Kansas să devină un stat sclavagist. Constituția a fost respinsă după o dezbatere națională furibundă și a fost una dintre ideile principale ale dezbaterilor Lincoln-Douglas. Controversa s-a adăugat la lupta tot mai mare care a devenit războiul civil. Constituția Lecompton a eșuat, în parte, pentru că antisclaviștii au deținut controlul legislativului teritorial la alegerile din 1857. Noua legislatură s-a reunit la Constitution Hall și a început rapid să elimine legile pro-sclavie.
La scurt timp, free-stateriștii au încercat să mute capitala teritorială la Minneola, Franklin County, Kansas, prin vot, dar proiectul de lege rezultat a fost respins ulterior de guvernatorul teritoriului Kansas, James W. Denver, și a fost anulat de Jeremiah S. Black, procurorul general al Statelor Unite. Ca atare, Lecompton a rămas capitala teritorială de jure. Acest lucru s-a întâmplat până când Topeka a devenit capitală atunci când Kansas a devenit stat, la 29 ianuarie 1861. Războiul civil american a început la 12 aprilie 1861.