Războiul civil american s-a desfășurat în trei zone importante, sau "teatre". Teatrul de Est a fost reprezentat de terenul situat la est de Munții Apalași. Teatrul de Vest includea tot ceea ce se afla între Munții Apalachi și râul Mississippi și de-a lungul acestuia. Teatrul Trans-Mississippi includea teritoriul aflat la vest de râul Mississippi.
Atât Statele Unite, cât și Confederația aveau capitalele lor în Teatrul de Est. Washington, DC, a fost capitala SUA încă din 1800. Când Sudul s-a separat, prima sa capitală a fost Montgomery, Alabama, dar și-a mutat capitala la Richmond, Virginia. Richmond și Washington DC se află la o distanță de numai 145 km (90 de mile).
Una dintre primele bătălii ale războiului a avut loc în Virginia. Uniunea a încercat să mărșăluiască spre Richmond, dar confederații i-au oprit în prima bătălie de la Bull Run, la 21 iulie 1861. Armata Uniunii din Potomac a încercat apoi să captureze Richmond în Campania Peninsulei din primăvara anului 1862, dar Robert E. Lee a devenit liderul Armatei din Virginia de Nord și a învins Armata Uniunii. El a câștigat apoi a doua bătălie de la Bull Run în august 1862. Lee a încercat să câștige războiul invadând Maryland, dar a pierdut Bătălia de la Antietam și s-a retras în Virginia. Teatrul de Est a fost cea mai grea luptă pentru Uniune, deoarece nu au ajuns prea departe în Virginia până în 1864. S-au descurcat mult mai bine în alte zone.
În timpul războiului au existat multe lupte între nave, dar Uniunea avea o flotă mai puternică și mai mare. Lincoln a pus Confederațiile sub blocadă, astfel că Marina Uniunii nu a permis niciunei nave să intre sau să iasă din porturile sudiste. Confederații au folosit nave numite "blockade runners" pentru a aduce lucruri din Europa, cum ar fi arme. Forțele navale ale fiecărei părți au luptat și pe râuri. Navele includeau ironclad-uri, care erau protejate de fier pe laturile lor, și cottonclad-uri, care foloseau bumbac de-a lungul laturilor lor. În timpul bătăliei de la Hampton Roads, nava de fier confederată Virginia a luptat împotriva navei de fier a Uniunii Monitor. A fost pentru prima dată în istoria lumii când două ironcladuri s-au luptat între ele.
În Teatrul de Vest, o mare parte din lupte s-au dat de-a lungul râului Mississippi. Ulysses S. Grant a fost un general important al Uniunii în Vest. Confederații au încercat să își trimită soldații în statul Kentucky în vara anului 1861. În primele luni ale anului 1862, Armata Uniunii i-a făcut pe confederați să se retragă din Kentucky și din vestul Tennessee. Aceștia au încercat să recucerească vestul Tennessee-ului atacând armata lui Grant în Bătălia de la Shiloh, dar Grant a câștigat bătălia. Confederații au încercat apoi să își trimită soldații în estul Kentucky în toamna anului 1862, dar au pierdut Bătălia de la Perryville și apoi au părăsit Kentucky. În cursul anului următor, Uniunea a preluat controlul asupra restului statului Tennessee.
Nordul a câștigat controlul asupra aproape întregului fluviu Mississippi prin capturarea orașelor de pe malul acestuia în toamna anului 1862 și primăvara anului 1863. Cu toate acestea, Confederația încă mai deținea Vicksburg, un oraș și un fort important. Dacă îl dețineau, confederații puteau muta soldații și proviziile de o parte și de alta a râului. Grant a început asediul Vicksburgului în cursul lunii mai 1863. Asediul a continuat până la 4 iulie 1863, când confederații de acolo s-au predat lui Grant. Acesta a fost unul dintre punctele de cotitură ale războiului, împărțind Confederația în două părți.
Au existat și bătălii la vest de valea râului Mississippi, în Teatrul Trans-Mississippi. De exemplu, două bătălii importante au fost Bătălia de la Wilson's Creek și Bătălia de la Pea Ridge. Confederații au încercat să invadeze New Mexico în februarie și martie 1862, dar au fost înfrânți în Bătălia de la Glorieta Pass. După ce Uniunea a capturat Vicksburg, zona a fost separată de restul statelor confederate. Alte bătălii au avut loc în zonă după capturarea Vicksburgului.
În timpul asediului de la Vicksburg din vest, un alt punct de cotitură a avut loc în est. După ce a câștigat câteva bătălii, Lee a decis să invadeze din nou nordul. Lee și Armata sa din Virginia de Nord au intrat în Pennsylvania. Armata confederată s-a întâlnit cu Armata Uniunii în apropiere de Gettysburg, Pennsylvania, și a purtat Bătălia de la Gettysburg, care a durat între 1 și 3 iulie 1863. La Gettysburg au murit mai mulți soldați decât în orice altă bătălie din Războiul Civil, pe care Uniunea a câștigat-o. Lee și trupele sale au fost împinse înapoi în sud și nu au mai putut invada nordul.
De la Vicksburg, Grant a condus armata pentru a termina de preluat controlul asupra statului Tennessee în campania de la Chattanooga. Lincoln a decis apoi că Grant era cel mai bun general al său și l-a pus pe Grant la conducerea tuturor armatelor Uniunii. Lincoln l-a numit, de asemenea, pe William Tecumseh Sherman generalul însărcinat cu conducerea trupelor Uniunii din Tennessee până în Georgia. Grant a condus multe atacuri asupra armatei lui Lee în Virginia. Bătăliile au alcătuit Campania Overland.
Uniunea a avut mai mult succes atunci când Sherman a intrat în Georgia în mai 1864, în mijlocul Statelor Confederate. În septembrie, a capturat Atlanta, un oraș important. Sherman a condus apoi un "marș spre mare" și a capturat Savannah. Apoi a mărșăluit spre nord prin Carolina de Sud și Carolina de Nord. Generalul confederat Joseph E. Johnston l-a atacat pe Sherman în bătălia de la Bentonville. Sherman a câștigat bătălia. Chiar și în secolul al XX-lea, sudiștii își amintesc că marșul lui Sherman a distrus multe case, ferme și căi ferate, dar soldații săi sunt învinuiți pentru lucruri pe care nu le puteau face, deoarece se aflau prea departe.
La sfârșitul anului 1864, armata lui Lee se lupta, deoarece avea mai puțini soldați și provizii decât armata lui Grant. Ajutată de Philip Sheridan, armata lui Grant a început încet-încet să pătrundă în Virginia. La începutul lunii aprilie 1865, au câștigat mai multe bătălii împotriva armatei lui Lee și au capturat Richmond. Lee a decis că avea prea puțini soldați pentru a mai continua să lupte. El s-a predat lui Grant la 9 aprilie 1865, lângă Appomattox Court House. Ulterior, multe alte armate confederate s-au predat și ele. Ultimul general confederat care s-a predat a fost generalul de brigadă Stand Watie, care s-a predat la 23 iunie 1865, în Oklahoma.
După încheierea războiului, Lincoln i-a grațiat pe toți soldații confederați, astfel încât aceștia nu au mai putut fi arestați sau pedepsiți pentru că au luptat împotriva Uniunii. Sudului i se va permite să se alăture din nou Statelor Unite, dar numai mai târziu. Unii confederați nu au dorit să se întoarcă în Statele Unite și s-au mutat în locuri precum Mexic sau Brazilia.
