Un hidrogenosom este un organit închis în membrană al unor ciliate anaerobe, trichomonade, ciuperci și al câtorva metazoare. Hidrogenosomii trichomonadelor (cei mai bine studiați) produc ATP printr-un ciclu metabolic complex. Spre deosebire de mitocondrii, acest ciclu nu utilizează oxigen. Se crede că hidrogenosomii au evoluat din mitocondrii; structura lor este destul de asemănătoare.
În 2010, oamenii de știință au raportat descoperirea primelor metazoare anaerobe cunoscute cu organite asemănătoare hidrogenosomului. Aceste organisme erau Loricifera care trăiau în sedimentele din bazinele de apă sărată de mare adâncime, cum ar fi bazinul L'Atalante. Aceste bazine de saramură sunt complet lipsite de oxigen (anoxice).
