Două proprietăți ale moleculelor MHC fac dificilă evitarea răspunsului imunitar de către agenții patogeni.
1. MHC este poligenică. Există mai multe gene diferite, astfel încât fiecare persoană sau animal are un set de molecule MHC care se leagă de game oarecum diferite de peptide.
2. Genele MHC sunt foarte polimorfe. Aceasta înseamnă că există mai multe variante alele ale fiecărei gene în populație. Polimorfismul este atât de ridicat încât într-o populație mixtă nu există doi indivizi cu exact același set de gene și molecule MHC, cu excepția gemenilor identici.
În cadrul unei populații, prezența mai multor alele diferite înseamnă că aproape întotdeauna va exista un individ cu o moleculă MHC specifică, capabilă să încarce peptida corectă pentru a recunoaște un anumit microb. Evoluția polimorfismului MHC înseamnă că o populație nu va sucomba în fața unui nou agent patogen sau a unuia mutant, deoarece cel puțin unii indivizi vor fi capabili să dezvolte un răspuns imunitar adecvat pentru a învinge agentul patogen. Variațiile moleculelor MHC sunt rezultatul moștenirii diferitelor molecule MHC.
Transplanturi
Transplanturile sunt limitate la cele care au cea mai mică reacție din partea sistemului MHC în testele de compatibilitate a țesuturilor.
Boli autoimune
O boală autoimună apare atunci când celulele imunitare nu recunosc moleculele MHC ale altor celule și încep să-și atace propriul organism.
