În timpul acestei ere, schimbările climatice au fost la fel de severe ca oricare altele din istoria Pământului. De la o temperatură ridicată la nivel global la început, au avut loc trei ere glaciare masive, cu gheață până la tropice.
Scădere a metanului
Există indicii clare că în această epocă s-a înregistrat o scădere a metanului atmosferic:
"Prăbușirea metanului de la nivelurile anterior ridicate din atmosfera arhaică joacă probabil un rol important, nu numai în istoria oxigenării, ci și în apariția erelor glaciare paleoproterozoice. Datele indică faptul că în urmă cu 2,4-2,3 miliarde de ani a avut loc un "Mare Eveniment de Oxidare", în timpul căruia mediul de la suprafața Pământului s-a schimbat profund și ireversibil".
Acumularea de oxigen
Cianobacteriile produceau oxigen, dar acesta era în mare parte consumat de către scufundările chimice. Acestea erau sulf și fier neoxidat. Până în urmă cu aproximativ 2,3 miliarde de ani, oxigenul era, probabil, doar 1% până la 2% din nivelul său actual. p323
Formațiunile de benzi de fier, care furnizează cea mai mare parte a minereului de fier din lume, au fost formate de oxigenul care formează compuși cu fierul; cea mai mare parte a acumulării a încetat după 1,9 miliarde de ani. Paturile roșii, care sunt colorate de hematită, indică o creștere a oxigenului atmosferic după 2 miliarde de ani în urmă; ele nu se găsesc în rocile mai vechi. . p324
Epocile glaciare
Au existat trei ere glaciare majore, cu gheață până la tropice. Fără îndoială, acestea au avut loc ca urmare a reducerii gazelor cu efect de seră din atmosferă și a creșterii producției de oxigen.
Există ceea ce cercetătorii numesc "un interval nedumerit de ~1.400 de milioane de ani fără glaciațiune verificată între glaciațiunile timpurii din Paleoproterozoicul timpuriu de la 2400-2200 mia în America de Nord, Africa de Sud, Scandinavia și Australia și glaciațiunile din Neoproterozoicul care au afectat toate continentele la 800-600 mia".
Lovituri de meteorit
În această perioadă au avut loc impacturi majore de bolizi, dintre care două au provocat cei mai mari cratere de impact de pe Pământ. Există, de asemenea, trei mai mici (cu diametrul egal sau mai mare de 30 de kilometri) în zona de timp cuprinsă între 3,0 și 1,2 miliarde de ani în urmă.