Râul San Joaquin este unul dintre cele două râuri principale din California, în Statele Unite. Cu o lungime de 330 mile (530 km), este al doilea cel mai lung râu din California, după râul Sacramento. Acesta începe în partea de vest a Munților Sierra Nevada și curge spre vest și nord până la capătul său în Golful San Francisco, în Delta Sacramento-San Joaquin. Bazinul său, care are o suprafață de aproximativ 82.879 kilometri pătrați (32.000 mile pătrate), conține în cea mai mare parte terenuri agricole. Râul asigură apă potabilă pentru peste 22 de milioane de cetățeni din California. Cei mai mari trei afluenți ai săi sunt râurile Merced, Tuolumne și Stanislaus.
Râul a fost cândva unul dintre cele mai bogate ecosisteme fluviale din California. Cu toate acestea, în prezent, peste 97 km (60 mile) din râu sunt secate, cu excepția inundațiilor, deoarece o mare parte din apă a fost luată pentru irigații. De fapt, în aval de Friant Dam, un baraj construit în anii 1940 pe râul San Joaquin, 95% din debitul râului este uscat. O mare parte din râu este poluată, distrugând populația istorică de somon chinook, cândva cea mai sudică din Statele Unite. Pesticidele, seleniul și multe alte materiale toxice sunt transportate de San Joaquin în Golful San Francisco.
În prezent, a fost demarat unul dintre cele mai mari proiecte din vestul Americii pentru refacerea râului San Joaquin. La 13 septembrie 2006, Consiliul pentru Apărarea Resurselor Naturale a semnat un acord cu utilizatorii barajului Friant și cu Departamentul de Interne al Statelor Unite. Acest acord ar urma să restabilească râul San Joaquin sub baraj, reducând poluarea.
