Jocul este plasat în aceeași lume fictivă ca și restul seriei Halo. O mare parte din joc are loc în anul viitor 2552, peste 500 de ani de acum încolo. În scenariu, oamenii au dezvoltat călătoria mai rapidă decât lumina și acum trăiesc pe multe planete și luni din sistemul solar. La prima încercare a umanității de a construi o așezare pe o planetă din jurul unei alte stele, au întâlnit extratereștrii Covenant. Pactul a declarat război religios împotriva umanității. La începutul lui Halo 2, oamenii pierd războiul, iar Pactul tocmai a descoperit Pământul.
Halo din titlul jocului este numele unei serii de planete "construite" de o rasă misterioasă numită Forerunners cu mult timp înainte de joc. Halo-urile sunt ultima apărare împotriva unei alte rase extraterestre cunoscute sub numele de Flood. Floodul vrea să folosească toate ființele vii din galaxie pentru hrană. Halo-urile sunt de fapt niște super arme gigantice care, atunci când sunt activate, ucid toate formele de viață din galaxie. Aceasta este singura modalitate de a opri Potopul, de a-i înfometa prin uciderea întregii lor hrană. Pactanții nu sunt conștienți de acest lucru și încearcă să lanseze Halo-uri ca parte a unei false profeții religioase. În primul joc Halo, Halo: Combat Evolved, oamenii și Master Chief reușesc să oprească Pactul să tragă unul dintre Halos. De asemenea, ei distrug unul dintre ele în acest proces. Chiar înainte ca Halo 2 să înceapă, Pactul descoperă un alt Halo care poate fi obținut doar printr-un portal găsit în apropierea Pământului.
Parcela
Jocul se deschide cu torturarea unui extraterestru, liderul elitelor. Acesta este torturat de către covenant pentru că nu a reușit să-l împiedice pe Master Chief să distrugă primul Halo în jocul original. Comandantul Elite este marcat de liderul Brutes, o altă parte a Pactului. Jucătorul preia apoi controlul lui Master Chief, aflat la bordul unei nave spațiale care orbitează în jurul Pământului, atunci când sosește flota masivă a Pactului. Pactul a venit pentru a lua portalul care le va permite să ajungă la noul Halo, astfel încât să îl poată lansa. Pactul urcă la bordul navei la bordul căreia se află jucătorul și încearcă să planteze bombe pentru a o dezactiva pe aceasta și pe celelalte nave din flota umană. Jucătorul trebuie să lupte printre forțele Covenant pentru a dezactiva bombele. După ce acest lucru este finalizat, nava umană pleacă, urmând nava amiral Covenant care tocmai a trecut. Între timp, în cutscene îl vedem pe fostul comandant de elită transformat într-un războinic religios cunoscut sub numele de Arbiter pentru a compensa eșecul său de a-l opri pe Master Chief în originalul Halo.
Într-o altă scenă, o navă umană cu Master Chief, Johnson și Cortana la bord urmează nava covenant prin portalul către noul Halo. Jucătorul trebuie acum să preia controlul lui Chief în timp ce luptă pentru a opri Pactul să tragă inelul. În cele din urmă, jucătorul îl ucide pe Profetul Regretului, un lider Covenant, și împiedică lansarea Halo-ului. Din nefericire, înainte ca jucătorul să poată recupera Indexul, controlul pentru lansarea Halo-ului, este capturat de liderul Flood-ului, cunoscut sub numele de Gravemind. Într-o cutscene îl vedem pe noul Arbiter trimis la Halo pentru a recupera Indexul înainte ca Chief să îl distrugă. Când ajunge însă, el și adepții săi sunt trădați, iar foștii lor aliați încep să atace. Aici jucătorul trebuie să-l controleze pe Arbiter și pe adepții săi în timp ce încearcă să scape de trădare și de ambuscadă. În cele din urmă, Arbiter este, de asemenea, capturat de Gravemind și se întâlnește cu Master Chief. Cei doi scapă de Gravemind, ai cărui adepți ai Floodului au preluat acum controlul unei nave uriașe Covenant numită High Charity. Arbiter și Chief, acum controlați din nou de jucător, se întrec la controlul Halo pentru a opri Pactul să tragă inelul pentru ultima oară. Ei reușesc să oprească Pactul, dar Profetul Adevărului, ultimul dintre liderii lor, scapă nevătămat pe o navă spațială. Șefii AI companion Cortana rămâne în urmă pe Halo, promițând să îl distrugă dacă vreun Covenant se va întoarce vreodată. Chief și Arbiterul se despart, Chief ascunzându-se pe o navă Covenant care fuge, iar Arbiterul și adepții săi se întorc la High Charity în încercarea de a o salva de Potop.
