Setarea
Jocul este plasat în aceeași lume fictivă ca și restul seriei Halo. Cea mai mare parte a jocului are loc în anul viitor 2553, peste 500 de ani de acum încolo. În scenariu, oamenii au dezvoltat călătoria mai rapidă decât lumina și acum trăiesc pe multe planete și luni din sistemul solar. Când omenirea a început să construiască o altă așezare pe o planetă din jurul unei alte stele, au întâlnit Pact extraterestru. Pactul a declarat război religios împotriva umanității. În timpul Halo 2, Pactul a descoperit Pământul. La începutul lui Halo 3, Pact lansează o invazie la scară largă a Pământului.
Halo din titlul jocului este numele unei serii de super arme spațiale construite de o rasă misterioasă numită Forerunners cu mult timp înainte de joc. Halo-urile sunt ultima apărare împotriva unei alte rase extraterestre cunoscute sub numele de Flood. Floodul vrea să folosească toate ființele vii din galaxie pentru hrană. Halo-urile sunt de fapt niște super arme gigantice care, atunci când sunt activate, vor ucide toate formele de viață din galaxie. Aceasta este singura modalitate de a opri Potopul, de a-i înfometa prin uciderea întregii lor hrană. Pactul nu știe acest lucru și încearcă să lanseze Halos ca parte a unei profeții religioase greșite. În primul joc Halo, Halo: Combat Evolved, oamenii și Master Chief reușesc să oprească Pactul să tragă unul dintre Halos. De asemenea, ei distrug unul dintre ele în acest proces. Distrugerea unuia dintre Halos declanșează o situație de urgență. Halos-urile pot fi acum toate lansate dintr-un singur loc, folosind un dispozitiv numit Arca. Pactul, care încă nu a înțeles adevărul, lansează o invazie a Pământului, unde cred că este îngropat Arca. Aici începe povestea Halo 3.
Caractere
Personajul principal din Halo 3 este Master Chief. Master Chief este un super soldat, ultimul membru supraviețuitor al Proiectului Spartan. Proiectul Spartan a fost inițiat de oameni pentru a crea, cu ajutorul genelor, soldați care să fie mai puternici, mai rapizi și mai rezistenți decât orice om normal. Un alt personaj din Halo 1 și 2, controlat de cel de-al doilea jucător într-un joc cooperativ este Arbiter, liderul extratereștrilor Elites. În Halo 2 el este un inamic, dar în Halo 3 își unește forțele cu oamenii. Alte personaje care se întorc includ soldatul uman veteran sagent Avery Johnson, AI Cortana, robotul 343 Guilty Spark și Gravemind, liderul periculos al Floodului.
Parcela
Halo 3 începe de unde s-a oprit Halo 2. Jucătorul joacă din nou în rolul lui Master Chief în timp ce cade spre Pământ. Se prăbușește în Kenya, în apropierea orașului Mombasa. El este găsit de o echipă de pușcași marini condusă de sergentul Avery Johnson, comandantul din Halo și Halo 2. Jucătorul și pușcașii marini își croiesc drum printre forțele invadatoare ale Covenant până la un avanpost uman. Aici găsesc forțele umane care fac o ultimă încercare de a împiedica Pactul să activeze un portal pe care l-au găsit îngropat în deșertul kenyan. Totuși, nu reușesc, iar Pactul deschide portalul către Arcă, unde vor putea să lanseze Halos și să distrugă galaxia. Imediat după ce flota de nave spațiale a Pactului părăsește portalul, o navă mare se prăbușește în orașul Mombasa. Această navă a fost preluată de către Potop. Jucătorul, în rolul lui Master Chief, trebuie să se lupte pentru a intra în nava spațială distrusă și să o recupereze pe robotul Cortana, care îi poate spune calea de a redeschide portalul și de a urmări Covenant-ul. Odată ce jucătorul reușește, oamenii redeschid portalul și se îndreaptă după Covenant pentru a-i opri să tragă cu Halos. Alături de ei se află 343 Guilty Spark, unul dintre roboții care au ajutat la construirea Halo-ului distrus din primul joc. Odată ce au trecut prin portal, jucătorul și aliații săi descoperă structura uriașă, de mărimea unei planete, cunoscută sub numele de Arca, de unde pot fi lansate toate Halos-urile. Condus de 343 Guilty Spark, jucătorul se îndreaptă spre centrul Arcei, unde liderul Pactului, Profetul Adevărului, se pregătește să tragă.
Chiar în momentul în care jucătorul ajunge să-l oprească pe Profetul Adevărului, nava High Charity, infestată de Potop, sosește în încercarea de a prelua Arca. Jucătorul, Arbiter și Johnson elimină acum toate Flood-urile din zonă înainte ca Arbiter să-l ucidă pe Profetul Adevărului și să împiedice lansarea Halelor. Totuși, jucătorul nu are timp să se odihnească, deoarece acum trebuie să se îndrepte spre reactorul nuclear din centrul navei spațiale infestate de Flood, High Charity, în încercarea de a ucide Floodul. Odată ce acest lucru este finalizat, jucătorul și Arbiter trebuie să meargă și să activeze un inel Halo. Acest lucru va distruge Arca și va ucide tot Floodul din această zonă a galaxiei Calea Lactee, salvând în același timp restul. Jucătorul și Arbiterul se îndreaptă spre activarea singurului Halo și salvarea Galaxiei. Când ajung 343 Guilty Spark îi avertizează că activarea acestui Halo va distruge întreaga Arcă și Halo-ul însuși. Jucătorul ignoră avertismentul. Acest lucru îl înfurie pe 343 Guilty Spark. Acesta îl ucide pe Sergent Johnson și încearcă să-l ucidă pe Master Chief pentru a împiedica distrugerea "Halo-ului său". Aceasta este, de fapt, ultima "bătălie cu șeful" al jocului. Jucătorul îl învinge pe robot și activează Halo-ul. Începe o numărătoare inversă, dar este prea târziu pentru jucătorul în rolul lui Master Chief și al AI Cortana. Aceștia reușesc să urce la bordul unei nave spațiale care să-i ducă departe, dar aceasta este prinsă în explozie și este împărțită în două. Master Chief este considerat mort.
Dacă jucătorul termină jocul în orice dificultate, după creditele de la finalul jocului va vedea că Master Chief și Cortana au supraviețuit. Dacă terminați jocul pe dificultatea "Legendary", puteți vedea un final alternativ după credite.
