;La 4 aprilie, armata Uniunii a cucerit Richmond, capitala Confederației. Cinci zile mai târziu, generalul Robert E. Lee a predat forțele confederate Armatei Uniunii. După aceste două evenimente, Booth a decis să îl ucidă pe Lincoln în loc să îl răpească. Potrivit fostului prieten al lui Booth, Louis Weichmann, este posibil ca Booth să fi decis să-l ucidă pe președinte pe 11 aprilie. În acea zi, Booth a ascultat în timp ce Lincoln a ținut un discurs de susținere a dreptului la vot pentru americanii de culoare. Weichmann, care a asistat la discursul președintelui împreună cu Booth, a declarat mai târziu:
"Nu-l văzusem niciodată pe domnul Lincoln de aproape și știam că este un om înalt, însă nimic nu m-ar fi putut pregăti pentru priveliștea lui. O umbră lungă avea. Iar brațele sale, atunci când erau întinse pe lângă corp, îi atingeau aproape de genunchi. Foarte profesionist, el a spus că nu va exista niciodată un sufragiu bazat pe diferențele de înfățișare a oamenilor. La această afirmație, Booth s-a întors spre noi doi și a spus: "Asta înseamnă cetățenie pentru negri. Acum, pe Dumnezeu, o să-l trec!".
La 14 aprilie 1865, Booth a mers la Teatrul Ford din Washington, D.C. pentru a-și ridica corespondența. Acolo a aflat că Lincoln și soția sa urmau să vadă o piesă la teatru în acea seară. Booth cunoștea bine piesa. S-a întâlnit cu complicii săi și au decis că în jurul orei 10:15 în acea seară, îi vor ucide pe președintele Lincoln, pe vicepreședintele Johnson, pe secretarul de stat William Seward și, eventual, pe generalul Ulysses S. Grant.
În acea după-amiază, Booth a făcut o gaură într-un perete al teatrului pentru a-i putea vedea pe președinte și pe invitații săi în camera lor de la balcon. Nu existau gărzi care să protejeze camera de la balcon. În timpul piesei, Booth a intrat în liniște în sală. El știa că la ora 22:15, publicul va râde la o replică din piesă. Când au început râsetele, Booth a tras un pistol de la mică distanță în ceafă lui Lincoln. Booth a evadat sărind de la balcon pe scenă, unde a strigat publicului replica triumfătoare;Sic semper tyrannis ("Așa întotdeauna tiranilor"). când a scăpat din lojă,Și-a rupt piciorul în timpul săriturii, dar a scăpat pe ușa din spate și s-a urcat pe calul său.
Lincoln a fost transportat peste stradă la Petersen House, unde a murit în dimineața următoare. Unul dintre conspiratori l-a atacat pe secretarul de stat Seward cu un cuțit în noaptea de 14, dar acesta a supraviețuit atacului. Conspiratorul care plănuia să îl atace pe vicepreședintele Johnson nu a dus la bun sfârșit complotul.
Booth a fugit cu un complice spre sud, prin Maryland, până în Virginia. O trupă a armatei l-a ajuns din urmă pe 26 aprilie. Complicele său s-a predat, dar Booth a refuzat. A strigat "Nu voi fi prins în viață!". A fost împușcat în timp ce era capturat și a murit mai târziu din cauza rănilor. Glonțul l-a lovit pe Booth în ceafă, în spatele urechii stângi, a trecut prin gât și a ieșit în hambar. Un țipăt de durere scăzută, asemănător cu cel produs de o strangulare bruscă, a venit din partea asasinului, iar acesta s-a aruncat cu capul în jos. Corbett și ceilalți soldați aveau să observe un sentiment de dreptate poetică, sau cosmică, în faptul că Lincoln și Booth au fost împușcați fiecare în același punct al capului. Iar pagubele suferite de Booth nu au fost mai puțin grave decât cele suferite de Lincoln: glonțul a străpuns trei vertebre și i-a secționat parțial măduva spinării, paralizându-l. Stările lor erau și ele diferite, după cum a rezumat Mary Clemmer Ames: "Bilele au intrat în craniul fiecăruia aproape în același loc, dar diferența de trilobare a făcut o diferență incomensurabilă în suferințele celor doi. Domnul Lincoln a fost inconștient de orice durere, în timp ce asasinul său a suferit o agonie la fel de rafinată ca și cum ar fi fost rupt pe roată". Un soldat i-a turnat apă în gură, pe care a scuipat-o imediat, incapabil să o înghită. Rana provocată de glonț l-a împiedicat să înghită lichidul. Cu o voce slabă, Booth a cerut apă, iar Conger și Baker i-au dat apă. Le-a cerut să îl răstoarne și să îl întoarcă cu fața în jos. Conger a crezut că este o idee proastă. Atunci măcar întoarceți-mă pe o parte, a implorat asasinul. Au făcut-o, dar Conger a văzut că mișcarea nu i-a ușurat suferința lui Booth. Baker a observat și el acest lucru: "Părea să sufere de dureri extreme ori de câte ori era mutat... și repeta de câteva ori: "Omoară-mă"." La răsăritul soarelui, Booth continua să sufere în chinuri chinuitoare. Pulsul îi slăbea, în timp ce respirația îi devenea tot mai greoaie și neregulată. În agonie, incapabil să-și miște membrele, a cerut unui soldat să-i ridice mâinile în fața feței și a șoptit în timp ce le privea: "Inutil... Inutil". Acestea au fost ultimele sale cuvinte. Câteva minute mai târziu, Booth a început să gâfâie după aer, în timp ce gâtul lui continua să se umfle, apoi s-a auzit un fior și un gâlgâit și corpul lui s-a cutremurat, înainte ca Booth să moară din cauza asfixiei - s-a sufocat la propriu.
Corbett a susținut că nu a avut intenția de a-l ucide pe Booth, ci doar a vrut să-i provoace o rană invalidantă, dar fie că a greșit ținta, fie că Booth s-a mișcat în momentul în care Corbett a apăsat pe trăgaci.