În timpul Renașterii, a apărut un nou tip de erudiție. Acești oameni nu au pus niciodată la îndoială adevărul literal al poveștii Arcei. Au început să se gândească la ea dintr-un punct de vedere practic. În secolul al XV-lea, Alfonso Tostada a scris despre logica Chivotului, incluzând lucruri precum aranjamentele pentru a scăpa de bălegar și pentru a face să circule aerul proaspăt. Geometristul Johannes Buteo, din secolul al XVI-lea, a calculat dimensiunile interne ale navei. De asemenea, el a lăsat loc pentru morile de măcinat și cuptoarele fără fum ale lui Noe. Oamenii de mai târziu au folosit, de asemenea, modelul său.
Până în secolul al XVII-lea, Americile fuseseră descoperite și explorate. Acest lucru a dus la noi probleme. Toate speciile trebuiau să fie răspândite din nou dintr-un singur punct, după potop. Răspunsul evident a fost că omul s-a răspândit pe continente după distrugerea Turnului Babel. Diferitele grupuri au luat cu ele animale. Totuși, unele dintre rezultate păreau ciudate: de ce nativii din America de Nord au luat șerpi cu clopoței, dar nu și cai, se întreba Sir Thomas Browne în 1646? "Este foarte ciudat cum de America abundă în fiare de pradă și animale nocive, dar nu conținea în această creatură necesară, un cal."
Browne a fost printre primii care au pus la îndoială noțiunea de generare spontană. El a fost un medic și om de știință amator care a făcut această observație în trecere. Cercetătorii biblici ai vremii, cum ar fi Justus Lipsius (1547-1606) și Athanasius Kircher (c.1601-80) au început, de asemenea, să analizeze mai atent povestea Arcei. Ei au încercat să potrivească relatarea biblică cu cunoștințele istorice naturale ale timpului lor. Ipotezele rezultate au fost importante. Ele au fost o forță motrice în spatele studiului distribuției geografice a plantelor și animalelor. Acest tip de studiu a devenit biogeografie în secolul al XVIII-lea. Istoricii naturali au început să stabilească legături între climă și animalele și plantele adaptate la acestea. O teorie importantă spunea că Araratul biblic era brăzdat de diferite zone climatice. Când clima se schimba, animalele asociate se mutau și ele. În cele din urmă, acestea s-au răspândit pentru a repopula globul.
A existat, de asemenea, problema unui număr tot mai mare de specii cunoscute: pentru Kircher și pentru istoricii naturali anteriori, nu a fost o problemă să găsească loc pentru toate speciile de animale cunoscute în Arcă, dar până la momentul în care John Ray (1627-1705) a lucrat, la doar câteva decenii după Kircher, au fost descoperite mult mai multe. Încorporarea întregii game de diversitate animală în povestea Arcei devenea din ce în ce mai dificilă, iar până în 1700 puțini istorici naturali vedeau motive pentru a crede într-o interpretare literală a povestirii Arcei lui Noe.