După ce Germania a invadat Țările de Jos, Seyß-Inquart a devenit Reichskommissar pentru Țările de Jos ocupate în mai 1940. Sarcina sa era să organizeze administrația civilă, să creeze legături economice strânse cu Germania și să apere interesele Reich-ului.
El a sprijinit Partidul Național-Socialist Olandez (NSB) și i-a permis acestuia să creeze un grup paramilitar Landwacht, ca forță de poliție auxiliară. Alte partide politice au fost interzise la sfârșitul anului 1941, iar mulți foști oficiali guvernamentali au fost închiși la Sint-Michielsgestel. Administrația țării a fost controlată în mare parte de Seyß-Inquart însuși.
A introdus măsuri de combatere a "terorii", iar în mai 1943, când a avut loc o grevă generalizată la Amsterdam, Arnhem și Hilversum, au fost organizate curți marțiale speciale și a fost impusă o amendă colectivă de 18 milioane de florini. Seyß-Inquart a autorizat execuția a aproximativ 800 de persoane înainte de eliberare. Unii spun că nu au fost doar 800, ci peste 1 500, inclusiv execuțiile în temeiul așa-numitei "Legi a ostaticilor", care au implicat (printre altele) prizonieri politici care erau pe punctul de a fi eliberați, incidentul de la Putten și execuția de represalii a 117 olandezi pentru atacul asupra liderului SS și al poliției" Hanns Albin Rauter. Începând cu iulie 1944, majoritatea atribuțiilor lui Seyß-Inquart au fost transferate comandantului militar din Țările de Jos și Gestapo-ului, dar a rămas în continuare o figură politică importantă și puternică.
În Țările de Jos au existat două mici lagăre de concentrare:
- KZ Herzogenbusch lângă Vught, și
- Kamp Amersfoort în apropiere de Amersfoort.
A existat, de asemenea, un "lagăr de adunare evreiesc" la Westerbork, pe lângă o serie de alte lagăre controlate de armată, de poliție, de SS sau de administrația lui Seyß-Inquart. Printre acestea se număra un lagăr de "recrutare a muncii voluntare" la Ommen. În total, aproximativ 530.000 de civili olandezi au lucrat pentru germani, dintre care 250.000 au fost trimiși în fabrici din Germania.
Seyss-Inquart era un antisemit: la câteva luni de la sosirea sa în Țările de Jos, i-a concediat pe evrei din guvern, din presă și din funcțiile de conducere din industrie. Măsurile antievreiești s-au intensificat după 1941: aproximativ 140.000 de evrei au fost înregistrați, a fost creat un ghetou în Amsterdam și un lagăr de tranzit la Westerbork. În februarie 1941, 600 de evrei au fost trimiși în lagărele de concentrare Buchenwald și Mauthausen. Mai târziu, evreii olandezi au fost trimiși la Auschwitz. Pe măsură ce forțele aliate se apropiau, în septembrie 1944, evreii rămași la Westerbork au fost trimiși la Theresienstadt. Din cei 140.000 de evrei olandezi înregistrați, doar 44.500 au supraviețuit războiului.
Când Hitler s-a sinucis la 30 aprilie 1945, Seyß-Inquart a devenit ministru de externe în noul guvern german al amiralului Karl Dönitz.
Regimul nazist a încercat o politică de "pământ pârjolit" și a distrus, de asemenea, unele docuri și porturi. Seyß-Inquart a fost de acord cu ministrul armamentului, Albert Speer, că a fost o greșeală să distrugă totul pentru a păstra materialele valoroase departe de forțele aliate sau de un nou guvern după război. Seyß-Inquart a ajutat, de asemenea, în așa-numita "iarnă a foamei" din 1945, la distribuirea de alimente și a permis avioanelor aliate să lanseze pâine albă suedeză pentru populația înfometată din nordul Țărilor de Jos ocupate. A rămas Reichskommissar până la 8 mai 1945, când, după o întâlnire cu Karl Dönitz pentru a confirma blocarea de către acesta a ordinelor privind pământul pârjolit, a fost capturat la Hamburg.