Primii ani
Jonathan Dee (numele său real) s-a născut la Londra, într-o familie galeză. Numele de familie Dee provine de la cuvântul galez du, care înseamnă "negru". A absolvit St. John's College, Cambridge, la vârsta de 18 ani. A fost membru fondator al Colegiului Trinity. A ținut o perioadă de timp cursuri la Cambridge. Apoi a părăsit Anglia pentru a studia în Europa continentală și a ținut cursuri la Paris și Louvain. S-a întors în Anglia în anii 1540.
În 1555, a fost arestat și acuzat de practicarea magiei negre pentru că a făcut horoscoapele reginei Maria și ale prințesei Elisabeta; acuzațiile au fost extinse la trădare împotriva Mariei. Dee a apărut în Camera Stelară și s-a dezvinovățit. După ce a fost eliberat, a devenit consilier științific al reginei Elisabeta I, hotărând chiar și data cea mai bună pentru încoronarea ei, în 1558.
A călătorit în Europa cu bani de la Elisabeta I. Este posibil să fi acționat ca spion pentru aceasta. A devenit un asociat apropiat al multor exploratori și antreprenori elisabetani, cum ar fi Sir Humphrey Gilbert.
În 1564, Dee a scris lucrarea hermetică Monas Hieroglyphica ("Monada ieroglifică") despre un simbol creat de el însuși, care reprezenta unitatea mistică a întregii creații. Această lucrare a fost foarte apreciată de mulți oameni din vremea lui Dee. Cu toate acestea, a existat un secret în legătură cu ea, care s-a pierdut. Acest lucru face ca această carte să fie greu de înțeles astăzi.
În 1570 a publicat o "Prefață matematică" la traducerea în limba engleză a Elementelor lui Euclid de către Henry Billingsley. A scris despre cât de importantă era matematica pentru celelalte arte și științe. Deoarece această carte a fost scrisă pentru public, a fost cea mai populară lucrare a lui Dee.
Viața ulterioară
Dee nu era mulțumit de cunoștințele sale. La începutul anilor 1580, a început să folosească metode supranaturale pentru a obține mai multe cunoștințe. A vrut să obțină cunoștințe de la îngeri.
L-a întâlnit pe Edward Kelly în 1582, iar acesta i-a devenit tovarășul său. Kelly a fost condamnat pentru falsificare. Kelly l-a ajutat pe Dee să aibă viziuni de la îngeri folosind un glob de cristal. Îngerii i-au dat o limbă numită enochiană și i-au dictat mai multe cărți prin intermediul lui Kelly. Globul de cristal al lui Dee a ajuns în British Museum. A trecut neobservat timp de mulți ani în colecția de minerale. Cele mai multe dintre documentele încă existente ale lui Dee se află, de asemenea, la British Museum.
Ultimii ani
În 1583, în timp ce Dee era plecat în Europa, casa și biblioteca sa din Mortlake au fost distruse de o mulțime. Mai târziu, Dee a ajuns să creadă că multe dintre cărțile sale au fost furate de foști prieteni și asociați. El i-a cerut ajutorul reginei Elisabeta. Aceasta l-a numit director al Christ's College, Manchester, în 1592. A rămas în această funcție până în 1604.
Când regina Elisabeta I a murit în 1603, la fel s-a întâmplat și cu influența lui Dee: acesta a fost nevoit să se retragă în casa sa din Mortlake, unde a murit în sărăcie.