Microbiomul uman (sau microbiota umană) este ansamblul de microorganisme care trăiesc în noi. Acestea trăiesc pe piele, în salivă și în gură, în ochi și în intestin și în restul tractului gastrointestinal. Acestea includ bacterii, archaea, ciuperci și eucariote unicelulare ("protozoare"). Fiecare persoană poartă cu sine mult mai mulți dintre acești microbi decât numărul de celule umane din organism. Corpul uman are aproximativ 100 de trilioane de celule și poartă aproximativ de zece ori mai multe microorganisme numai în intestine.
Microbiomul este "comunitatea ecologică de microorganisme comensale, simbiotice și patogene care împart literalmente spațiul corpului nostru". Termenul a fost inventat inițial de Joshua Lederberg. Acesta a considerat că microorganismele care trăiesc în corpul uman în condiții de sănătate și boală sunt importante. Multe articole științifice fac distincția între "microbiom" și "microbiotă" pentru a descrie fie genomul colectiv al microorganismelor care trăiesc într-o nișă de mediu, fie microorganismele în sine, respectiv. Cu toate acestea, conform definițiilor originale, acești termeni sunt în mare parte sinonimi.
Unele dintre aceste organisme sunt utile pentru oameni. Cu toate acestea, majoritatea nu au niciun efect cunoscut. Ele sunt doar simbioți: trăiesc cu noi. Cele care se așteaptă să fie prezente sunt membre ale florei normale. În condiții normale, acestea nu provoacă boli, ci pot chiar să ne ajute sănătatea. Studiile din 2009 au întrebat dacă sănătatea noastră este afectată dacă reducem acest biota. Acesta este cu siguranță cazul florei intestinale.
Deși "flora" se referă mai degrabă la plante decât la bacterii, termenul de "floră intestinală" este utilizat pe scară largă și este familiar biologilor. "Biota" se referă la colecția totală de organisme dintr-un ecosistem. Termenul "microbiota" este cel mai potrivit pentru bacterii și alte microorganisme, dar, fără îndoială, "flora" va fi folosit adesea.
Microbii despre care se vorbește sunt, în general, nepatogeni (nu provoacă boli decât dacă se dezvoltă în mod anormal); ei există în armonie și simbioză cu gazdele lor.
Cercetătorii au aflat că o mare parte din populația de microbi care se găsește în corpul uman nu sunt bacterii, ci o clasă foarte veche de organisme unicelulare numite archaea. Printre acestea se numără metanogeni care produc metan și pot provoca flatulență.
