De obicei, cuvintele cu un singur kanji sunt yamato kotoba, cum ar fi katana (kanji: 刀, hiragana: かたな, care înseamnă sabie), sakana (kanji: 魚, hiragana: さかな, care înseamnă pește), kami (kanji: 紙, hiragana: かみ, însemnând: hârtie), yama (kanji: 山, hiragana: やま, însemnând: munte) te (kanji: 手, hiragana: て, însemnând: mână), și oyogu (kanji și hiragana: 泳ぐ, doar hiragana: およぐ, însemnând: a înota). Cele mai multe kanji (versiunea japoneză a caracterelor chinezești) au două tipuri diferite de pronunție, on'yomi (pronunția kanji-urilor împrumutate din chineză) și kun'yomi (pronunția nativă a cuvintelor japoneze care folosesc kanji-urile). Cuvintele Yamato kotoba folosesc kun'yomi-ul kanji-ului.
Deoarece on'yomi provine din monosilabele chinezești (cuvinte cu o singură silabă), ele însele sunt, de asemenea, de o singură silabă și, la fel ca în chineză, pot avea o structură CV sau CVC. De exemplu, on'yomi pentru următoarele kanji 刀, 魚, 紙, 山, 手 și 泳 sunt tō, shi, san, shu și ei. Cu toate acestea, kun'yomi poate avea una sau mai multe silabe, iar aceste silabe sunt, de obicei, o structură CV, ca în exemplele date mai sus.
Deoarece japoneza folosește trei sisteme de scriere diferite, chiar și yamato kotoba poate fi scris în mai multe moduri diferite. De exemplu, cuvântul sushi poate fi scris în întregime în hiragana ca すし, în întregime în katakana ca スシ, în kanji ca 鮨 sau 鮓, sau în ateji (kanji folosite doar pentru a arăta pronunția unui cuvânt, nu și sensul acestuia) ca 寿司 sau 壽司.
Kanji arată, de obicei, sensul rădăcinii cuvântului. În timp ce substantivele se scriu de obicei doar cu kanji, ele pot fi scrise și în kana dacă sunt cuvinte foarte comune, cum ar fi sushi, sau dacă kanji-ul lor nu este bine cunoscut, nu face parte din jōyō kanji (o listă standard de 1.945 de kanji pe care toți adulții japonezi ar trebui să le cunoască) sau este prea dificil de reținut cum se scrie, cum ar fi bara, al cărui kanji este 薔薇, dar care se scrie de obicei doar ca ばら în hiragana sau ca バラ în katakana.
Japonezii au inventat, de asemenea, multe dintre propriile kanji pentru a denumi lucruri care se găseau în Japonia, dar nu și în China (de obicei plante și animale). Acestea se numesc kokuji (kanji: 国字, hiragana: こくじ), ceea ce înseamnă "caractere naționale", sau wasei-kanji (kanji: 和製漢字, hiragana: わせいかんじ), ceea ce înseamnă "caractere chinezești făcute în Japonia". Kokuji includ nume de pești precum iwashi (kanji: 鰯, hiragana: いわし, însemnând: sardină), tara (kanji: 鱈, hiragana: たら, însemnând: cod) și kisu (kanji: 鱚, hiragana: きす, însemnând: sillago), și copaci precum kashi (kanji: 樫, hiragana: かし, însemnând: stejar veșnic verde), sugi (kanji: 椙, hiragana: すぎ, care înseamnă cedru japonez) și kaba sau momiji (kanji: 椛, hiragana: かば/もみじ, care înseamnă mesteacăn/arțar). Cele mai multe kokuji au doar kun'yomi pentru că sunt yamato kotoba, dar unele kanji au și on'yomi, cum ar fi 働 (on'yomi: dō どう, kun'yomi: hatara(ku) はたら(く), însemnând: muncă), iar unele au doar on'yomi, cum ar fi 腺 (on'yomi: sen せん, însemnând: glandă).