În anul 50 î.Hr., Senatul, condus de Pompei, i-a ordonat lui Cezar să își dizolve armata și să se întoarcă la Roma, deoarece mandatul său de guvernator se încheiase. Caesar credea că va fi urmărit penal dacă va intra în Roma fără imunitatea de care se bucura un magistrat. Pompei l-a acuzat pe Cezar de insubordonare și trădare.
Trecerea Rubiconului
Cezar și armata sa s-au apropiat de Roma și au trecut Rubiconul, un râu puțin adânc din nord-estul Italiei, în anul 49 î.Hr. Acesta era punctul dincolo de care nicio armată nu trebuia să treacă. Râul marca granița dintre Galia Cisalpină, la nord, și Italia propriu-zisă, la sud. Trecerea Rubiconului a provocat un război civil. Pompei, consulul legal, și prietenii săi au fugit din Roma în timp ce armata lui Cezar se apropia.
Pompei a reușit să scape înainte ca Cezar să-l captureze. Cezar a decis să se îndrepte spre Spania, lăsând Italia sub controlul lui Marc Antoniu. Cezar a făcut un uimitor marș-ruta de 27 de zile până în Spania, unde i-a învins pe locotenenții lui Pompei. Apoi s-a întors în est, pentru a-l provoca pe Pompei în Grecia. Acolo, în iulie 48 î.Hr., la Dyrrhachium, Cezar a evitat cu greu o înfrângere catastrofală. Apoi l-a învins decisiv pe Pompei, în bătălia de la Pharsalus, mai târziu în același an.
Dictator în sfârșit
La Roma, Cezar a fost numit dictator, cu Marc Antoniu ca maestru de cavalerie (al doilea la comandă). Cezar a prezidat propria sa alegere pentru un al doilea consulat și apoi, după unsprezece zile, a demisionat din această dictatură.
La sfârșitul anului 48 î.Hr., a fost numit din nou dictator, cu un mandat de un an. Cezar l-a urmărit apoi pe Pompei în Egipt, unde Pompei a fost în curând ucis. Cezar a fost apoi implicat într-un război civil egiptean între faraonul copil și sora, soția și regina sa co-regentă, Cleopatra. Poate ca urmare a rolului faraonului în uciderea lui Pompei, Cezar a trecut de partea Cleopatrei. Se spune că ar fi plâns la vederea capului lui Pompei, care i-a fost oferit cadou de faraon. În orice caz, Cezar a învins forțele faraonului în anul 47 î.Hr. și a instalat-o pe Cleopatra la conducerea țării.
Cezar și Cleopatra și-au sărbătorit victoria cu o procesiune triumfală pe Nil în primăvara anului 47 î.Hr. Barja regală a fost însoțită de alte 400 de nave, prezentându-i lui Cezar stilul de viață luxos al faraonilor egipteni. Cezar și Cleopatra nu s-au căsătorit niciodată; legea romană recunoștea doar căsătoriile între doi cetățeni romani. Caesar și-a continuat relația cu Cleopatra pe toată durata ultimei sale căsătorii, care a durat 14 ani - în ochii romanilor, acest lucru nu constituia adulter - și este posibil să fi fost tatăl unui fiu numit Caesarion. Cleopatra a vizitat Roma de mai multe ori, rămânând în vila lui Caesar, în afara Romei, peste râul Tibru.
În 46 î.Hr., Cezar l-a învins pe Cato și pe rămășițele susținătorilor lui Pompei în Africa. A fost apoi numit dictator pentru zece ani. În doi ani a făcut numeroase schimbări în administrația romană pentru a îmbunătăți Republica. Multe dintre aceste schimbări erau menite să îmbunătățească viața oamenilor obișnuiți. Un exemplu, care a dăinuit, a fost reforma sa a calendarului în formatul actual, cu o zi bisectă la fiecare patru ani. În februarie 44 î.Hr., cu o lună înainte de asasinarea sa, a fost numit Dictator pe viață.
Asasinat
În zorii lui martie (15 martie; vezi calendarul roman) din anul 44 î.Hr., Cezar trebuia să se prezinte la o ședință a Senatului. Marc Antoniu, temându-se de ce era mai rău, s-a dus să-l întâmpine pe Cezar. Complotiștii se așteptau la acest lucru și au aranjat ca cineva să îl intercepteze.
Potrivit lui Eutropius, aproximativ șaizeci sau mai mulți oameni au participat la asasinat. A fost înjunghiat de 23 de ori. Potrivit lui Suetoniu, un medic a stabilit ulterior că doar o singură rană, a doua în piept, a fost letală. Ultimele cuvinte ale dictatorului nu sunt cunoscute cu certitudine și reprezintă un subiect contestat atât de cercetători, cât și de istorici. Versiunea cea mai cunoscută în lumea anglofonă este fraza latină Et tu, Brute? ("Și tu, Brutus?"). În Iulius Caesar al lui Shakespeare, aceasta este prima jumătate a replicii: "Et tu, Brute? Atunci cade, Cezar". Potrivit lui Plutarh, după asasinat, Brutus a făcut un pas în față ca și cum ar fi vrut să le spună ceva colegilor săi senatori; aceștia, însă, au fugit din clădire. Brutus și tovarășii săi au mărșăluit apoi spre Capitoliu în timp ce strigau către orașul lor iubit: "Popor al Romei, suntem din nou liberi!". Au fost întâmpinați cu tăcere, deoarece cetățenii Romei se închiseseră în casele lor de îndată ce zvonul despre cele întâmplate începuse să se răspândească.
O statuie de ceară a lui Cezar a fost ridicată în forum, prezentând cele 23 de lovituri de cuțit. O mulțime adunată acolo a provocat un incendiu, care a afectat grav forumul și clădirile învecinate. În haosul care a urmat, Marc Antoniu, Octavian (mai târziu Augustus Caesar) și alții au purtat o serie de cinci războaie civile, care aveau să se încheie cu formarea Imperiului Roman.
Imperiul roman și împărații săi au fost atât de importanți în istorie, încât cuvântul Cezar a fost folosit ca titlu în unele țări europene pentru a desemna împăratul, chiar și după mult timp după dispariția imperiului roman. De exemplu, împăratul Germaniei a fost numit Kaiser până în anul 1919 d.Hr., iar împăratul Rusiei a fost numit țar până în 1917 d.Hr.