La începutul filmului, armata americană face teste de armament în Nevada, în 1957. Se dezvăluie apoi că sovieticii au preluat controlul asupra unei părți din armată și împușcă mortal câțiva oameni de securitate. Un grup de bărbați sovietici și agentul Irina Spalko îl scot apoi pe Indiana Jones din mașină și îl obligă să ia un obiect pe care l-a găsit cu zece ani în urmă. El găsește cutia și încearcă să scape, dar prietenul său Mac se întoarce împotriva lui. După ce scapă, el se află într-un oraș fals. Armata americană explode apoi o bombă atomică. Jones intră într-un frigider și abia supraviețuiește.
Deoarece Jones a fost prietenul lui Mac pentru o perioadă lungă de timp, guvernul american crede că Jones ar putea fi comunist. A doua zi, la Colegiul Marshall (unde predă Jones), decanul principal îl informează că este în "concediu" și că decanul a demisionat pentru a-l proteja pe Jones. Jones își face bagajele și pleacă din New York. Înainte de a putea pleca, însă, un tânăr pe nume Mutt Williams vine la el și îi arată o scrisoare. Williams spune că Harold Oxley, unul dintre vechii prieteni ai lui Jones, a fost răpit. Mai târziu, acești oameni au răpit-o pe mama lui Williams, Mary, și îi vor ucide pe amândoi dacă nu va fi găsit craniul de cristal.
Jones citește scrisoarea și puzzle-ul și spune că Oxley se referea la Cuzco, Peru. Jones și Williams zboară până acolo, unde Jones află că Oxley a fost închis în urmă cu câteva luni. În închisoare, Oxley a mâzgălit niște desene. Jones și Williams se îndreaptă spre un loc de mormânt unde cred că este îngropat Francisco de Orellana; legenda spune că acesta a găsit craniul de cristal, dar nu a fost găsit niciodată. Ei găsesc craniul și urcă doar pentru a-l găsi pe Mac și pe niște sovietici care îi amenință cu armele.
Cu toții zboară spre o nouă tabără în junglă. Spalko îi spune lui Jones că ea crede că craniul a fost făcut de extratereștri și că deține o mare putere. Acolo, Jones descoperă că "Mary Williams" este de fapt Marion Ravenwood, fosta lui iubită. De asemenea, îl găsește pe Oxley, care nu este în toate mințile, divagând și incapabil să rostească o propoziție completă. Jones află ce spune Oxley. În timp ce sovieticii și Jones își dau seama încotro să se îndrepte, Williams aprinde un foc și încearcă să-i facă să scape. Jones și Ravenwood cad în nisipuri mișcătoare și încep să se scufunde. În timp ce se scufundă, Ravenwood îi spune lui Jones că numele real al lui Williams este Henry Jones III și că este fiul lui Jones. Williams folosește un șarpe pentru a-i scoate din groapa de nisip. Ei sunt recapturați.
A doua zi, sovieticii încep să distrugă pădurea în încercarea de a ajunge la Templul lui Aktor, zona indicată de Oxley. Jones își dezleagă frânghiile și preia controlul uneia dintre mașini, începând o lungă urmărire în junglă. În cele din urmă, ei găsesc zona, locul unde trebuie să fie returnat craniul de cristal. Mac se reîntoarce în grup ca un băiat bun, dar în realitate tot nu era bun, și a lăsat luminițe roșii intermitente ca o urmă pentru ca sovieticii mai lenți să poată găsi unde se aflau Jones și grupul său.
Într-un mormânt cu cameră, Jones și grupul său descoperă 13 schelete de cristal, dintre care unuia îi lipsește un craniu. Spalko ia craniul de la Oxley și îl pune la loc. Templul începe să se prăbușească. Spalko vrea să știe totul în lume, dar în curând știe prea multe și explodează. Jones și grupul său încep să scape. Jones se oprește pentru a încerca să-l prindă pe Mac, dar Mac spune că este în regulă și se lasă dus. După ce Jones iese din templu, vede cum templul se prăbușește și se dezvăluie a fi o farfurie zburătoare. Întors acasă, Jones devine decan asociat al Colegiului Marshall. El și Ravenwood se căsătoresc.
.svg.png){kind=small}
.svg.png){kind=small}
.svg.png){kind=small}
