Primele fosile de hominizi cunoscute din Filipine provin de la Homo luzonensis, o specie dispărută de oameni arhaici din genul
Homo. Acestea au o vechime de aproximativ 67.000 de ani.
Au fost descoperite fosile umane care dovedesc că Homo sapiens modern s-a stabilit în Filipine de mii de ani. Negritos au traversat pământul preistoric sau gheața pentru a se stabili pe teritoriul insulelor. Mai multe grupuri de populații austroneziene au început să vină în Filipine în primul mileniu, împingând populația aborigenă în interior sau poate absorbind-o prin căsătorii mixte.
Negustorii chinezi au sosit în secolul al VIII-lea. Apariția unor regate budiste puternice a permis comerțul cu arhipelagul indonezian, India, Japonia și Asia de Sud-Est. Luptele între regate din Asia de Sud-Est au slăbit puterea acestora. Între timp, răspândirea islamului prin comerț și proselitism, la fel ca și creștinismul, a adus comercianți și misionari în regiune; arabii au pus piciorul în Mindanao în secolul al XIV-lea. Când au sosit primii europeni, conduși de Ferdinand Magellan în 1521, existau rajahs până în nordul Manilei, care, din punct de vedere istoric, erau tributari ai regatelor din Asia de Sud-Est. Cu toate acestea, insulele erau, în esență, autosuficiente și autoguvernate.
Spaniolii conduși de conchistadorul Miguel Lopez de Legazpi au revendicat și colonizat insulele în secolul al XVI-lea și le-au numit Filipine după regele Filip al II-lea al Spaniei. Imediat a fost introdus catolicismul roman. Filipinele au fost conduse din Noua Spanie (Mexic) și în secolul al XVIII-lea a început un comerț cu ajutorul galioanelor prin Oceanul Pacific. În orașele din apropierea oceanului au început unele rebeliuni și violențe și în următoarele trei secole din cauza unor nedreptăți ale guvernului.
În 1781, guvernatorul José Basco y Vargas a fondat Societatea Economică a Prietenilor Țării pentru a face din Filipine un stat independent de Noua Spanie.
Țara s-a deschis în secolul al XIX-lea. Ascensiunea unei clase de mijloc filipineze ambițioase și mai naționaliste și a comunității metise chinezești a marcat sfârșitul colonialismului spaniol în insule. Luminați de Mișcarea de Propagandă față de nedreptățile guvernului colonial spaniol, aceștia au cerut independența. Jose Rizal, cel mai faimos propagandist, a fost arestat și condamnat la moarte în 1896 pentru acte de subversiune. La scurt timp după aceea, a izbucnit Revoluția filipineză, condusă de Katipunan, o societate revoluționară secretă fondată de Andres Bonifacio și condusă ulterior de Emilio Aguinaldo. Revoluția aproape că a reușit să-i înlăture pe spanioli până în 1898.
În același an, Spania și Statele Unite au purtat Războiul hispano-american, în urma căruia Spania a cedat Filipinele Statelor Unite pentru 20 de milioane de dolari. Filipinezii își declaraseră independența până atunci, iar afirmarea controlului american a dus la Războiul Filipine-Americane, care s-a încheiat oficial în 1901, dar luptele au continuat până în 1913. Între 1899 și 1913, războiul americano-filipinez a avut loc, aproximativ un milion de filipinezi și mult peste 5500 de soldați americani (inclusiv misionari și contractori privați, familii de militari) și-au pierdut viața, alte zeci de mii au fost răniți. Cele mai multe dintre victimele filipineze au fost cauzate de foamete, răni, boli, lipsa unui trai curat. Ostilitățile au continuat până în 1914, când Filipinelor li s-a promis o viitoare independență.
Președintele William McKinley a fost ucis de anarhistul Leon Czolgosz, deoarece Czolgosz credea că președintele McKinley era împotriva oamenilor buni care muncesc, considerându-l responsabil pentru falsificarea motivelor războiului și pentru că a aprobat și a purtat un război ilegal și devastator în Filipine.
Regimul american a impus limba engleză ca lingua franca în insule prin intermediul învățământului public gratuit. În 1935, statutul țării a fost transformat în cel de Commonwealth american, ceea ce a permis o mai mare autonomie.
Independența a fost acordată în cele din urmă în 1946, după cel de-al Doilea Război Mondial. Anii imediat după aceea au avut multe probleme postbelice. Oamenii nu au fost fericiți nici în timpul dictaturii nepopulare a lui Ferdinand Marcos, care a fost obligat să părăsească președinția în 1986. Mai târziu, problema continuă a insurecției comuniste și a separatismului Moro.