Puterea lui Calvin a fost foarte mare în ultimii săi ani de viață. El era cunoscut în întreaga lume ca un reformator diferit de Martin Luther. În principal, Luther și Calvin se respectau reciproc. Cu toate acestea, Luther și un reformator din Zürich, Huldrych Zwingli, gândeau diferit în privința euharistiei. Gândurile lui Calvin despre aceasta l-au făcut pe Luther să creadă că acesta era de acord cu Zwingli. În același timp, Calvin era trist că reformatorii nu erau toți împreună. El a încercat să îi unească prin semnarea Consensului Tigurinus. Acesta a fost un acord între bisericile din Zürich și Geneva.
Cel mai mare ajutor al lui Calvin pentru poporul anglofon a fost acela de a oferi protecție exilaților mariani din Geneva. El a făcut acest lucru începând cu anul 1555. Cu protecția orașului, ei au putut să-și facă propria biserică reformată sub conducerea lui John Knox și William Whittingham. Aceștia au dus mai târziu multe dintre ideile lui Calvin în Anglia și Scoția. Cu toate acestea, Calvin a fost cel mai interesat să încerce să schimbe patria sa, Franța. El a ajutat la construirea de biserici prin distribuirea de literatură și oferirea de slujitori. Între 1555 și 1562, peste o sută de slujitori au fost trimiși în Franța.
În Geneva, Calvin a vrut să construiască în principal un colegiu, o școală pentru copii. La 25 martie 1558 a fost ales un loc pentru construirea școlii. A fost deschisă în anul următor, la 5 iunie 1559. A fost împărțită în două părți. O parte era un gimnaziu. Școala de gramatică se numea collège sau schola privata. Cealaltă parte era o școală avansată numită academie sau schola publica. În cinci ani erau 1.200 de elevi în școala de gramatică și 300 în școala avansată. Mai târziu, colegiul a devenit Collège Calvin, una dintre școlile pregătitoare pentru colegiu din Geneva. Academie a devenit Universitatea din Geneva.
În toamna anului 1558, Calvin s-a îmbolnăvit de febră. Îi era teamă că ar putea muri înainte de a termina ultima revizuire a Institutelor. Din această cauză, s-a forțat să lucreze. Ultima ediție a devenit mult mai lungă, așa că Calvin a numit-o o nouă lucrare. Erau 21 de capitole în ediția dinaintea ultimei ediții. Cu toate acestea, în cea din urmă, a fost de 80 de capitole. Acest lucru s-a datorat faptului că materialul care exista deja era mai detaliat: nu au fost adăugate cu adevărat mai multe subiecte. La scurt timp după ce s-a însănătoșit, și-a încordat vocea în timp ce predica. Acest lucru l-a făcut să tușească violent. I s-a spart un vas de sânge din plămâni. Sănătatea lui s-a înrăutățit mult după aceasta. A predicat ultima sa predică la St. Pierre la 6 februarie 1564. La 25 aprilie, și-a făcut testamentul. În testamentul său, a lăsat puțini bani familiei sale și colegiului. Câteva zile mai târziu, miniștrii bisericii au venit să-l viziteze. A murit de septicemie. Această despărțire este consemnată în Discours d'adieu aux ministres. Și-a amintit de viața sa la Geneva. Calvin a murit la 27 mai 1564. Avea 54 de ani. A doua zi, a fost înmormântat într-un mormânt nemarcat în Cimetière de Plainpalais. Oamenii nu sunt siguri unde se află exact mormântul. Cu toate acestea, o piatră a fost adăugată în secolul al XIX-lea pentru a marca un mormânt despre care se credea în mod tradițional că ar fi al lui Calvin.
