Selecția de echilibrare se referă la procesele selective prin care diferite alele (versiuni diferite ale unei gene) sunt menținute în fondul genetic al unei populații la frecvențe mai mari decât cea a mutației genetice.

Acest lucru se întâmplă, de obicei, atunci când heterozigotul pentru o genă are o fitness relativă mai mare decât homozigotul. În acest fel, polimorfismul genetic este conservat.

Dovada selecției de echilibrare poate fi găsită în numărul de alele dintr-o populație care sunt menținute peste frecvențele ratei de mutație. Toate cercetările moderne au arătat că această variație genetică semnificativă este comună în populațiile panmictice. Experiența de teren a lui Darwin, Wallace și a altora a arătat că populațiile naturale din natură sunt extraordinar de variate. Colecțiile de muzeu ale unor singure specii spun aceeași poveste.

Există mai multe moduri în care selecția de echilibrare acționează pentru a menține polimorfismul. Cele două majore și cele mai studiate sunt avantajul heterozigotului și selecția dependentă de frecvență.