Războiul civil
În aprilie 1861, a izbucnit Războiul Civil American. Carson și-a părăsit slujba de agent indian și s-a înrolat în armata Uniunii. A fost numit locotenent și a condus Divizia 1 de infanterie voluntară din New Mexico. El i-a antrenat pe noii oameni. În octombrie 1861, a fost numit colonel. Voluntarii au luptat împotriva forțelor confederate la Valverde, New Mexico, în februarie 1862. Confederații au câștigat acea bătălie, dar au fost învinși ulterior.
Campanie împotriva apașilor
Odată ce confederații au fost alungați din New Mexico, comandantul lui Carson, maiorul James Henry Carleton, și-a îndreptat atenția către nativii americani. Istoricul Edwin Sabin a scris că ofițerul avea o "ură psihopată față de apași". Carleton și-a condus forțele adânc în teritoriul apasilor Mescalero. Mescaleros s-au săturat de lupte și s-au pus sub protecția lui Carson. Carleton i-a plasat pe acei apași într-o rezervație izolată și izolată la est de râul Pecos.
Carson nu-i plăcea pe apași și a scris într-un raport că apașii Jicarilla "erau cu adevărat cei mai degradați și mai problematici indieni pe care îi avem în departamentul nostru..... [Îi vedem zilnic în stare de ebrietate în piața noastră". Carson a susținut cu jumătate de inimă planurile lui Carleton. Era obosit și suferise o rană cu doi ani înainte care îi dădea mari bătăi de cap. A demisionat din armată în februarie 1863. Carleton a refuzat să accepte demisia deoarece dorea ca Carson să conducă o campanie împotriva Navajo.
Campanie împotriva Navajos
Carleton a ales un loc pustiu pe râul Pecos pentru rezervația sa, numită Bosque Redondo (Crângul Rotund). El a ales acest loc pentru apași și navajos deoarece era departe de așezările albilor. De asemenea, a dorit ca apașii și navajo să acționeze ca un tampon pentru orice acte agresive comise asupra așezărilor albe de către Kiowa și Comanches la est de Bosque Redondo. De asemenea, a considerat că depărtarea și pustietatea rezervației ar descuraja așezările albe.
Apașii Mescalero au mers pe jos 130 de mile până la rezervație. Până în martie 1863, 400 de apași se stabiliseră în apropiere de Fort Sumner. Alții au fugit spre vest pentru a se alătura bandelor de apași fugari. La mijlocul verii, mulți dintre ei semănau culturi și făceau alte munci agricole.
Pe 7 iulie, Carson, care nu prea avea inimă pentru racolarea Navajo, a început campania împotriva tribului. Ordinele sale au fost aproape aceleași ca și cele pentru racolarea apașilor: trebuia să împuște toți bărbații aflați la fața locului și să ia femeile și copiii în captivitate. Nu urma să se încheie niciun tratat de pace până când toți Navajo nu se aflau în rezervație.
Carson i-a căutat pe Navajo în lung și-n lat. Le-a găsit casele, câmpurile, animalele și livezile, dar Navajo erau experți în a dispărea rapid și în a se ascunde în ținuturile lor vaste. Adunarea a fost o mare frustrare pentru Carson. În vârstă de 50 de ani, era obosit și bolnav. Până în toamna anului 1863, Carson a început să dea foc caselor și câmpurilor Navajo și să le îndepărteze animalele din zonă. Navaho ar fi murit de foame dacă distrugerile ar fi continuat, iar 188 de Navajo s-au predat. Aceștia au fost trimiși la Bosque Redondo, unde viața devenise sumbră. Au avut loc crime de când apașii și navajo se luptau. Apa din Pecos conținea minerale care le dădeau oamenilor crampe și dureri de stomac. Locuitorii trebuiau să meargă pe jos aproximativ 12 mile pentru a găsi lemne de foc.
Canionul de Chelly
Carson a vrut să ia o pauză de iarnă din campanie, dar Carleton a refuzat. Kit a primit ordin să invadeze Canionul de Chelly. Acolo se refugiaseră mulți Navajos. Istoricul David Roberts a scris: "Mersul lui Carson prin Canionul de Chelly în iarna 1863-1864 se va dovedi a fi acțiunea decisivă a Campaniei".
Canionul de Chelly era un loc sacru pentru Navajo. Crezând că acesta va fi acum cel mai puternic sanctuar al lor, 300 de Navajo s-au refugiat pe marginea canionului într-un loc numit Fortress Rock. Ei au rezistat invaziei lui Carson construind scări de frânghie și poduri, coborând vase de apă într-un pârâu și ascunzându-se de ochii lumii. Cei 300 de Navajo au supraviețuit invaziei. În ianuarie 1864, Carson a străbătut Canionul de 35 de mile cu forțele sale. A tăiat miile de piersici din canion. Puțini Navajo au fost uciși sau capturați. Cu toate acestea, invazia lui Carson le-a dovedit Navajo că albii le puteau invada țara în orice moment. Mulți Navajo s-au predat la Fort Canby.
Până în martie 1864, la Fort Canby se aflau 3.000 de refugiați. Alți 5.000 au sosit în tabără. Aceștia sufereau din cauza frigului intens și a foamei. Carson a cerut provizii pentru a-i hrăni și îmbrăca. Miile de Navajo au fost conduse la Bosque Redondo. Mulți au murit pe drum, iar cei rătăciți în spate au fost împușcați și uciși. În istoria Navajo, această călătorie îngrozitoare este cunoscută sub numele de Long Walk. Până în 1866, rapoartele indicau că Bosque Redondo a fost un eșec total, Carleton a fost concediat, iar Congresul a început investigațiile. În 1868, a fost semnat un tratat, Navajo au fost lăsați să se întoarcă pe pământul lor natal, iar Bosque Redondo a fost închis.
Prima bătălie de la Adobe Walls
La 25 noiembrie 1864, Carson și-a condus forțele împotriva triburilor din sud-vest în prima bătălie de la Adobe Walls, în Texas Panhandle. Adobe Walls era un post comercial abandonat care fusese aruncat în aer de locuitorii săi pentru a preveni preluarea controlului de către nativii americani ostili. Combatanții la Prima bătălie au fost Armata Statelor Unite și mase de Kiowa, Comanches și Apași de câmpie. A fost una dintre cele mai mari lupte purtate în Marile Câmpii. Comisia pentru Biblioteca și Arhivele Statului Texas a notat: "Rezultatul de la Adobe Walls a fost o înfrângere spirituală zdrobitoare pentru indieni. De asemenea, a determinat armata americană să întreprindă ultimele acțiuni pentru a-i zdrobi pe indieni o dată pentru totdeauna. În decurs de un an, lungul război dintre albii și indienii din Texas avea să se încheie".
Bătălia a fost rezultatul convingerii generalului Carleton că nativii americani erau responsabili pentru atacurile continue asupra coloniștilor albi de-a lungul traseului Santa Fe Trail. El a vrut să-i pedepsească pe hoți și criminali și l-a adus pe Carson pentru a face treaba. Cu cea mai mare parte a armatei angajată în altă parte în timpul Războiului Civil American, protecția pe care o căutau coloniștii era aproape inexistentă, iar aceștia au implorat ajutor. Carson a condus 260 de cavaleriști, 75 de infanteriști și 72 de cercetași ai armatei Ute și Jicarilla Apache. În plus, el avea două tunuri obuziere de munte.
În dimineața zilei de 25 noiembrie, Carson a descoperit și a atacat un sat Kiowa format din 176 de loje. După ce a distrus-o, a înaintat spre Adobe Walls. Carson a găsit alte sate comanche în zonă și și-a dat seama că se va confrunta cu o forță foarte mare de nativi americani. Un căpitan Pettis a estimat că au început să se adune între 1.200 și 1.400 de comanche și kiowa. Numărul acestora avea să crească până la 3.000. Au urmat patru-cinci ore de luptă. Când Carson a rămas fără muniție și obuze de obuzier, le-a ordonat oamenilor săi să se retragă într-un sat Kiowa din apropiere, pe care l-au ars împreună cu multe haine frumoase de bivol. Iscoadele sale amerindiene au ucis și mutilat patru Kiowa bătrâni și slăbiți. Apoi a început retragerea lor spre New Mexico. Au fost puțini morți printre oamenii lui Carson. Generalul Carleton i-a scris lui Carson: "Această afacere strălucită adaugă încă o frunză verde la coroana de lauri pe care ai câștigat-o atât de nobil în serviciul țării tale". Bătălia este considerată de unii ca fiind cel mai bun moment al lui Carson și se crede că a fost unul dintre factorii care i-au determinat pe Kiowas și pe Comanches să ceară pacea în 1865.
"Aruncă câteva proiectile în mulțimea de acolo."
Kit Carson către ofițerul de artilerie Lt. Pettis
Unii dintre cei care au studiat bătălia cred că Carson a avut dreptate când a ordonat trupelor sale să se retragă. Doar un singur scalp de comanș a fost raportat ca fiind luat de soldații lui Carson. Prima bătălie de la Adobe Walls va fi ultima dată când comanșii și kiowa au forțat trupele americane să se retragă din luptă. Adobe Walls a marcat începutul sfârșitului triburilor din câmpie și al modului lor de viață.
Un deceniu mai târziu, a doua bătălie de la Adobe Walls a avut loc la 27 iunie 1874, între 250-700 de comanșe și un grup de 28 de vânători care apărau Adobe Walls. După un asediu de patru zile, sutele de nativi americani s-au retras. A doua bătălie a dus la Războiul Râului Roșu din 1874-1875, care a dus la relocarea definitivă a indienilor din sudul câmpiilor în rezervații din Oklahoma.