Preistorie
Cercetările arheologice au scos la iveală semne de viață umană în Sulawesi de Nord încă de acum 30.000 de ani, pe baza dovezilor din peștera Liang Sarru de pe insula Salibabu. Alte dovezi arată existența vieții în urmă cu aproximativ 6.000 de ani în situl Passo Hillside din districtul Kakas și cu 4.000 de ani în urmă până la începutul anului d.Hr. în peștera Liang Tuo Mane'e din Arangkaa, pe insula Karakelang.
Perioada timpurie
Perioada colonială
La sfârșitul secolului al XVI-lea, portughezii și spaniolii au ajuns în Sulawesi de Nord. Portugalia a fost prima națiune occidentală care a ajuns în Sulawesi de Nord. O navă portugheză a debarcat la Manado Sultanatul de Maguindanao controla insulele din nord la acea vreme. Portughezii au construit fortul de la Amurang.
Vasul spaniol a acostat pe insula Talaud și Siau, pe la Ternate. Spania a construit fortul din Manado, de atunci Minahasa a început să fie controlată de Spania. Rezistența împotriva ocupației spaniole a culminat în 1660-1664.
Corabia olandeză a debarcat în orașul Manado în 1660 pentru a ajuta la lupta Confederației Minahasa împotriva Spaniei. Asociația republicană United Nations a membrilor Confederației Minahasa a încheiat un acord comercial cu VOC. Acest acord de cooperare comercială a făcut apoi ca VOC să monopolizeze comerțul, care a început treptat să își impună voința, ceea ce a dus în cele din urmă la rezistența din anii 1700 în Ratahan, care a culminat cu războiul olandez Minahasa-War în 1809-1811 la Tondano.
Spaniolii colonizaseră deja Insulele Filipine. Aceștia au făcut din Minahasa o plantație de cafea. Spania a făcut din Manado un centru de comerț cu cafea pentru negustorii chinezi. Unele triburi Minahasan au ajutat Spania să captureze fortul portughez de la Amurang în anii 1550. Coloniștii spanioli au construit apoi fortul din Manado. În cele din urmă, Spania a controlat tot Minahasa.
În secolul al XVI-lea, una dintre primele comunități indo-eurasiatice din arhipelag a fost cea din Manado. Primul rege din Manado a fost Muntu Untu (1630). El era pe jumătate de origine spaniolă. Mai târziu, Spania a cedat Minahasa portughezilor în schimbul a 350.000 de ducați în cadrul unui tratat. Conducătorii din Minahasa i-au trimis pe Supit, Pa'at și Lontoh să lupte cu olandezii pentru a-i forța pe portughezi să plece din Minahasa. Aceștia au reușit în 1655. Și-au construit propria fortăreață în 1658 și i-au forțat pe ultimii portughezi să plece câțiva ani mai târziu.
La începutul secolului al XVII-lea, olandezii au răsturnat sultanatul din Ternate. Aceștia au început să reducă puterea Spaniei și a Portugaliei în arhipelag. În 1677, olandezii au cucerit arhipelagul Sangir. Doi ani mai târziu, Robert Padtbrugge, guvernatorul din Maluku, a vizitat Manado. El a încheiat un acord cu șefii Minahasan. Acest lucru i-a lăsat pe olandezi să domine pentru următorii 300 de ani. Cu toate acestea, dominația directă a olandezilor a început abia în 1870. Olandezii au ajutat la unirea confederației Minahasa. În 1693, minahniștii au obținut o victorie militară împotriva tribului Mongondow din sud. Influența olandeză a crescut, iar creștinismul și cultura europeană s-au dezvoltat în Minahasa. Școlile misionare din Manado din 1881 au fost una dintre primele încercări de educație în masă în Indonezia. Absolvenții școlilor își puteau găsi de lucru ca funcționari publici, în armată și în guvernul Indiilor Orientale Olandeze. Relațiile Minahasa cu olandezii au fost adesea proaste. A existat un război între olandezi și Tondano în 1807 și 1809. Teritoriul Minahasa nu s-a aflat sub stăpânire directă olandeză până în 1870. Dar, în cele din urmă, olandezii și Minahasa au devenit foarte apropiați. Astfel, Minahasa a fost adesea numită a 12-a provincie olandeză. Chiar și în 1947, Manado a format mișcarea politică Twapro, prescurtare de la Twaalfde Profincie (a douăsprezecea provincie), care dorea integrarea oficială a Minahasa în Regatul Țărilor de Jos.
Independența
Japonezii au ocupat zona din 1942 până în 1945. a fost o perioadă de privațiuni, iar forțele aliate au bombardat Manado în mare măsură în 1945. În timpul perioadei de independență care a urmat, a existat o divizare între Minahasa pro-indoneziană și Minahasa pro-olandeză. Numirea lui Sam Ratulangi ca prim guvernator al Indoneziei de Est a reușit apoi să câștige sprijinul Minahasa pentru Republica Indonezia. După independența Indoneziei, Indonezia este împărțită în 8 provincii, iar Sulawesi este una dintre aceste provincii. Primul guvernator din Sulawesi a fost S.G.J.Ratulangi, cunoscut și ca un erou național. În 1948, în Sulawesi a fost format Statul Indonezia de Est, care a devenit ulterior unul dintre statele din cadrul Statelor Unite ale Indoneziei. Statul Indonezia de Est a fost dizolvat și a fuzionat în Republica Indonezia. Pe baza Legii numărul 13 Anul 1964, a fost formată Provincia Sulawesi de Nord. Data de 14 august 1959 a fost desemnată drept aniversare a provinciei.
În martie 1957, liderii militari din Sulawesi de Nord și Sulawesi de Sud au cerut mai multă libertate față de Java. Aceștia doreau o dezvoltare mai activă, împărțirea echitabilă a banilor din impozite și ajutor împotriva rebeliunii lui Kahar Muzakar din Sulawesi de Sud. Ei doreau un guvern central condus în mod egal de Sukarno și Hatta. La început, mișcarea "Permesta" (Carta de luptă a universului) a fost mai degrabă o simplă mișcare de reformă decât o mișcare separatistă.
Negocierile dintre guvernul central și liderii militari din Sulawesi au prevenit violențele din Sulawesi de Sud, dar liderii Minahasan nu au fost mulțumiți de rezultatul acordului și mișcarea a izbucnit. Temându-se de dominația sudului, liderii Minahasan și-au declarat propriul stat autonom din Sulawesi de Nord în iunie 1957. La acea vreme, guvernul central controlase Sulawesi de Sud, dar în Nord nu existau figuri puternice ale guvernului central și existau zvonuri că Statele Unite ar fi înarmat cu rebeliunea din Sumatra de Nord, care are, de asemenea, legături cu liderii Minahasan.
Posibilitatea unei intervenții străine a determinat guvernul central să solicite asistență militară din sudul Sulawesi. Forțele Permesta au fost ulterior îndepărtate din Sulawesi Central, Gorontalo, Sangir și Morotai din Maluku. Avioanele Permesta (furnizate de SUA și pilotate de piloți filipinezi, taiwanezi și americani) au fost distruse. SUA au trecut apoi mai departe, iar în iunie 1958 armata guvernului central a debarcat în Minahasa. Revolta Permesta s-a încheiat la mijlocul anului 1961.
Rebeliunile din Sumatra și Sulawesi au eșuat. Ei chiar au contribuit la crearea a ceea ce nu doreau, deoarece centrul a reacționat la amenințarea de rebeliune. Autoritatea guvernului central a crescut, în timp ce autonomia regională a devenit mai slabă. Naționalismul radical a devenit mai puternic. Puterea partidului comunist și a lui Sukarno a crescut, în timp ce Hatta a slăbit. Sukarno a instaurat în cele din urmă o democrație dirijată în 1958.
De la reformele din 1998, guvernul indonezian a început să adopte legi care sporesc autonomia regională, ideea principală pentru care Permesta luptă.
