În ultimii săi ani, Janáček a scris cele mai multe dintre marile lucrări pentru care este cunoscut în întreaga lume. Opera sa Jenůfa a fost interpretată la Praga. Acest lucru l-a făcut celebru pe plan internațional. A fost foarte mândru atunci când țara sa a devenit independentă după război. A fost, de asemenea, foarte fericit pentru că era îndrăgostit de Kamila Stösslová, care era cu 38 de ani mai tânără decât el. A scris trei dintre cele mai bune opere ale sale: Katya Kabanová, The Cunning Little Vixen și The Makropulos Affair. Aceste opere au fost reprezentate la Brno și apoi la Praga și au fost, de asemenea, publicate. A scris două cvartete de coarde și un sextet de suflători: Mládi (Tinerețe). La vârsta de 70 de ani s-a retras de la Școala de orgă din Brno. În 1926 a scris o lucrare pentru orchestră: Sinfonietta, urmată de un concert de pian pentru mâna stângă (pianistul cântă doar cu mâna stângă) și ansamblu de cameră, și de Misa Glagolitică. Toate aceste lucrări au avut un succes enorm atât în Cehoslovacia, cât și în străinătate, chiar și la New York.
În 1921 a cumpărat o cabană în orașul său natal, Hukvaldy. Acolo a petrecut mult timp compunând, departe de viața agitată din Brno. În vara anului 1928 a mers acolo și i s-au alăturat, pentru prima dată în Hukvaldy, Kamila, băiatul ei de 11 ani și soțul ei. Lucra la actul al treilea al ultimei sale opere Din casa morților. Într-o zi, fiul Kamilei s-a rătăcit în pădure. Au petrecut ceva timp căutându-l. Janáček a răcit, a făcut pneumonie și a murit. Înmormântarea sa din Brno a fost un eveniment public de amploare, în cadrul căruia a fost interpretată o parte din muzica operei sale Micuța vulpiță vicleană.