Primele nave ale URSS au ajuns la blocadă pe 25 octombrie și au fost împiedicate de marina americană să ajungă în Cuba.
Nikita Hrușciov i-a trimis o scrisoare lui Kennedy pe 26 octombrie. Consilierii lui Kennedy au spus că scrisoarea părea să fi fost scrisă de Hrușciov însuși și nu de scriitorii săi oficiali, care în mod normal ar fi trebuit să o scrie. Aceștia au mai spus că părea scrisă de un om care se afla sub presiune. Într-un articol intitulat "Patruzeci de ani după 13 zile", Robert McNamara a citat o parte din scrisoarea lui Hrușciov:
| " | Toată lumea are nevoie de pace; atât capitaliștii, dacă nu și-au pierdut rațiunea, cât și comuniștii, cu atât mai mult. Războiul este dușmanul nostru și o calamitate pentru toți oamenii. Dacă, într-adevăr, războiul ar izbucni, atunci nu ne-ar sta în putere să-l oprim, pentru că așa este logica războiului. Am participat la două războaie și știu că războiul se termină numai după ce s-a rostogolit prin orașe și sate, semănând peste tot moarte și distrugere. Aș dori să fiți de acord că nu se poate ceda presiunilor; este necesar să le controlăm. Dacă oamenii nu dau dovadă de înțelepciune, atunci, în ultimă instanță, vor ajunge să se ciocnească, ca niște cârtițe oarbe, și atunci va începe exterminarea reciprocă. Dacă nu v-ați pierdut stăpânirea de sine, atunci, domnule președinte, noi și dumneavoastră nu ar trebui să tragem acum de capătul unei frânghii în care ați legat nodul războiului, pentru că, cu cât vom trage mai mult noi doi, cu atât mai strâns va fi legat nodul. Și s-ar putea să vină un moment în care acel nod va fi atât de strâns încât nici măcar cel care l-a legat nu va mai avea puterea de a-l dezlega. Și atunci va fi necesar să tăiem acel nod. Și ce va însemna acest lucru nu este treaba mea să vă explic, pentru că voi înșivă înțelegeți perfect ce forțe teribile posedă țările noastre. Haideți nu doar să relaxăm forțele care trag de capătul frânghiei; haideți să luăm mijloace pentru a dezlega nodul. Suntem pregătiți pentru acest lucru. | " |
| -Nikita Hrușciov |
Hrușciov spunea că va elimina amplasamentele de rachete dacă președintele Kennedy promitea să nu invadeze Cuba. O invazie a Cubei l-ar face pe Hrușciov să arate rău și ar putea duce, de asemenea, la un război nuclear. Aceasta era reacția pe care o dorea Kennedy.
Chiar a doua zi, o a doua scrisoare a fost trimisă din Rusia către Kennedy. Aceasta părea mai oficială decât prima. În ea se spunea, de asemenea, că SUA trebuie să-și scoată rachetele nucleare din Turcia dacă doresc ca Rusia să-și scoată rachetele din Cuba. Acesta ar fi fost un schimb echitabil, deoarece rachetele americane din Turcia erau suficient de aproape de Rusia pentru a ajunge în majoritatea orașelor importante, iar Cuba era suficient de aproape de SUA pentru ca rachetele rusești să ajungă în majoritatea orașelor importante din SUA. Problema pentru Kennedy era că nu putea accepta public să scoată rachetele americane din Turcia, deoarece Turcia nu ar fi fost protejată și nu ar fi fost mulțumită.
O altă problemă era că Kennedy și consilierii săi nu știau dacă Hrușciov mai era încă la putere. Aceștia credeau că cineva din guvernul rus ar fi putut să-l răstoarne pe Hrușciov. Au crezut acest lucru deoarece a doua scrisoare era foarte diferită de prima. Kennedy a decis să-i trimită un mesaj secret lui Hrușciov, în care îi spunea că vor retrage rachetele din Turcia în câteva luni, cu condiția să nu anunțe publicul despre acest lucru. Kennedy i-a trimis apoi o scrisoare oficială lui Hrușciov în care era de acord cu condițiile primei scrisori și nu menționa cea de-a doua.
Hrușciov a fost de acord cu mesajul secret.
La 1 noiembrie, amplasamentele rachetelor au fost îndepărtate, iar problemele au luat sfârșit.
Obiectivele lui Hrușciov în această criză au avut rezultate diferite:
- O țară comunistă era mai apropiată de Statele Unite. Cuba a ieșit din criză fiind încă o țară comunistă.
- Kennedy a fost împins în criză. În cele din urmă, dorința sa de pace a fost importantă pentru a pune capăt crizei.
- Locurile de amplasare a rachetelor din Turcia au fost îndepărtate, dar nu în modul dorit de Hrușciov.
Statele Unite îl vedeau pe Kennedy ca pe un erou care a luptat împotriva comunismului și a învins.