Suprafața actuală a gropii Messel se află la aproximativ 60 m sub terenul local și are o suprafață de aproximativ 0,7 km². Patrulaterul de șisturi bituminoase se întindea inițial până la o adâncime de 190 m. În urmă cu 47 de milioane de ani, în Eocen, când s-au format depozitele Messel, zona era cu 10° mai la sud decât este în prezent. Această perioadă a fost imediat după maximul termic paleocen-eocen, iar clima și ecologia locului erau foarte diferite de cele actuale. O serie mare de lacuri, înconjurate de păduri subtropicale luxuriante, susțineau o diversitate incredibilă de viață. Fundul lacului Messel a fost probabil un punct central de drenaj pentru râurile și pârâurile din apropiere. Depozitele de gropi s-au format în timpul epocii eocene din perioada paleogenă, în urmă cu aproximativ 47 de milioane de ani. Acest lucru se bazează pe datarea fragmentelor de bazalt de sub straturile fosilizate.
Șisturile bituminoase, formate prin depunerea lentă și anoxică a noroiului și a vegetației moarte pe fundul lacului, sunt rocile principale din sit.
Sedimentele sale se întind pe o adâncime de 130 m și se află deasupra unei fundații mai vechi de gresie. Fosilele din interiorul șisturilor prezintă o claritate și o conservare remarcabile datorită caracteristicilor de depunere unice ale lacului.
Straturile superioare ale lacului erau foarte pline de viață, dar fundul era anoxic. Deoarece apa nu era prea mult tulburată, puțin oxigen ajungea la nivelurile inferioare. Acest lucru a împiedicat multe specii epifaunale (care trăiesc pe fundul lacului) și infaunale (care trăiesc pe fund) să trăiască acolo. Acesta este motivul pentru care cadavrele erau atât de puțin deteriorate. Răsturnarea straturilor lacului (cauzată de variațiile sezoniere) a redus conținutul de oxigen în apropierea suprafeței și a dus la o "dispariție" periodică a speciilor acvatice. Combinat cu o rată relativ scăzută de depunere (0,1 mm/an), acesta a fost un mediu excelent pentru conservarea faunei și florei.
Eliberări de gaze vulcanice
Zona din jurul gropii Messel a fost activă din punct de vedere geologic și tectonic în Eocen. Eliberările de gaze vulcanice ar putea explica depunerea mare de specii neacvatice.
Deplasările subterane au eliberat concentrații mari de gaze reactive (cum ar fi dioxidul de carbon și hidrogenul sulfurat) în lac și în ecosistemele adiacente, ucigând organismele sensibile. În timpul acestor degajări, păsările și liliecii ar fi putut cădea dacă se aflau în apropierea suprafeței lacului, iar animalele terestre ar fi putut fi copleșite în apropierea malului lacului.