Întoarcerea lui Cope acasă, în Philadelphia, a avut loc înainte de sfârșitul Războiului Civil. S-a căsătorit cu o fată quaker pe care o cunoștea, Annie Pim. Aceasta locuia la o fermă, iar nunta a avut loc la ea acasă.
Cope a scris lucrări despre pești, balene și una despre o broască fosilă cu coadă.p835 Tatăl lui Cope a donat bani unui mic colegiu quaker numit Haverford College. Colegiul i-a acordat lui Cope un masterat onorific și l-a angajat să predea zoologie.p48
Cope a făcut călătorii științifice în vestul american și a scris scrisori părinților, soției și fiicei sale în timpul acestor călătorii. El i-a spus tatălui său că predarea îi ocupa prea mult timp pentru a putea face descoperiri științifice.p143/6 A renunțat la slujba de la colegiu. El, soția și fiica sa s-au mutat apoi în Haddonfield pentru a fi mai aproape de zăcămintele de fosile din vestul New Jersey.
În Haddonfield, New Jersey, se aflau niște gropi de marmură, unde a fost descoperit un schelet de dinozaur în 1858 de către William Foulke și numit Hadrosaurus foulkii de către Dr. Leidy de la Academia de Științe Naturale din Philadelphia.p151/8 Cope a găsit mai multe fosile în marmitele de acolo. De exemplu, el a descris Elasmosaurus platyurus și Laelaps în 1868. Edward Cope a făcut și expediții în peșteri; ultima peșteră pe care a vizitat-o a fost Wyandotte Caves din Indiana în 1871.p151/5
În vârstă de 30 de ani, quakerul a scris o mulțime de lucrări științifice care au fost publicate. Charles Sternberg a spus că în câmpurile de fosile din Kansas Cope a avut "un atac sever de coșmar ... fiecare animal din care găsisem urme în timpul zilei se juca cu el noaptea ... uneori pierdea jumătate de noapte în acest somn obositor".p167
Cope a căutat fosile și în vestul Statelor Unite. În 1872 a explorat rocile eocene. Rocile aveau o vechime cuprinsă între 55 și 38 de milioane de ani. În acel an, a muncit prea mult și a avut o cădere nervoasă.p583 În 1873 a studiat paturile (straturile) de Titanothere din nord-estul statului Colorado. Titanothere era un erbivor mare dispărut.p183/194
Ancheta Wheeler
În 1874, Cope s-a oferit voluntar pentru studiul Wheeler. Aceste călătorii de cartografiere geologică au fost conduse de George Montague Wheeler. Au cartografiat părți din Statele Unite la vest de meridianul 100.p200 Meridianul 100 vest este granița dintre vestul uscat și estul ploios al Statelor Unite.
În 1874, Cope a descoperit formațiunea Puerco din New Mexico, în timpul cercetării Wheeler.p200 Formațiunea Puerco era un strat de rocă moale cu o grosime de 500 de picioare de-a lungul cursului superior al râului Puerco, în apropiere de Cuba, New Mexico. Era marnă verde și neagră (care conținea substanțe chimice folosite la fabricarea îngrășămintelor). Fosilele au fost găsite mai târziu de cineva într-o formațiune similară la vest de acolo, într-un alt comitat. Cope a spus că era ca și cum fosilele respective proveneau din formațiunea Puerco, pe care el a descoperit-o. Este posibil ca stânca sa să fi fost săpată de râu în timp îndelungat și părea că se afla acolo de mult timp. Era ceva ce oamenii de știință pe care îi cunoștea nu văzuseră înaintea lui. Ca parte a studiului Wheeler Survey, el a putut să facă cumpărături la comisioane. A reușit să își includă descoperirile în rapoartele publicate în cadrul cercetării. Și-a adus soția și fiica cu el într-o excursie de cercetare, închiriind o casă pentru ele. În calitate de voluntar, și-a plătit singur drumul.p63
Independența
Când Cope avea 35 de ani, tatăl său a murit, lăsându-i un sfert de milion de dolari.p837 În anul următor, 1876, Cope și-a mutat soția și fiica din casa lor de lângă livada de meri din Haddonfield, New Jersey, înapoi în Philadelphia, Pennsylvania - de data aceasta într-o casă înșiruită din oraș. A cumpărat două unități locative și a folosit-o pe cea de alături ca paleo-laborator pentru colecția sa de fosile. A încetat să mai facă muncă de teren pentru a se pune la punct cu scrisul. A angajat echipe care să caute fosile pentru el. Și a ajutat la Expoziția Centenarului din Philadelphia să își aranjeze expozițiile de fosile.p218 În 1877, a reușit să cumpere jumătate din American Naturalist.
A publicat lucrări atât de repede încât rivalul său, profesorul Marsh, a avut îndoieli cu privire la momentul în care au fost găsite fosilele lui Cope. În august 1878, când avea 38 de ani, Cope a navigat spre Insulele Britanice pentru a participa la o convenție științifică în Dublin, Irlanda. Apoi a navigat spre Franța pentru a merge la o convenție științifică de două zile acolo. La una dintre convenții a decis să cumpere câteva cutii cu fosile argentiniene, poate pentru muzeul din Philadelphia.
Când Cope s-a întors, îl așteptau doi ani de colectare de către Lucas, omul său. Aceasta includea un Camarasaurus, un sauropod.p42