George Washington Parke Custis a fost nepotul Marthei Washington și a crescut alături de Martha și George Washington. El a primit terenul care acum este Cimitirul Național Arlington în 1802. A început să construiască Arlington House, unde a locuit împreună cu soția sa Mary Lee Fitzhugh Custis. Terenul și casa au fost dăruite singurului lor copil care a trăit până la vârsta adultă, Mary Anna Custis Lee. Aceasta a fost căsătorită cu Robert E. Lee, absolvent al West Point și ofițer al armatei Statelor Unite. Când Fort Sumter a fost forțat să se predea la începutul Războiului Civil American, președintele Abraham Lincoln i-a cerut lui Lee să fie general al armatei federale. Lee nu a dat un răspuns imediat, ci a așteptat să vadă dacă statul său natal, Virginia, va părăsi Uniunea.
Lee a părăsit armata federală când Virginia a spus că părăsește Statele Unite. El a decis că nu poate lupta împotriva statului său natal. A devenit liderul forțelor armate ale statului Virginia. Apoi a devenit comandantul Armatei din Virginia de Nord. Lee a fost un mare comandant și a câștigat mai multe bătălii împotriva forțelor Uniunii. Majoritatea ofițerilor Uniunii au considerat că Lee și-a încălcat promisiunile față de Uniune, deoarece a ales să lupte împotriva ei. O parte din Arlington a fost luată de la familia Lee și a devenit un cimitir. Majoritatea morților Uniunii sunt îngropați acolo.
Înainte de Războiul Civil, în Statele Unite nu existau cimitire mari, destinate exclusiv militarilor. Generalii importanți erau înmormântați în Cimitirul Congresului, alături de alți lideri importanți. Cimitirele militare americane erau necesare la frontierele îndepărtate și în apropierea bătăliilor și a spitalelor unde au murit mulți soldați. Când soldații morți în Războiul Civil au umplut cimitirele din apropierea Washingtonului, D.C., generalul de intendență Montgomery C. Meigs a propus în 1864 ca 200 de acri (81 de hectare) din proprietatea familiei Robert E. Lee de la Arlington să fie luați pentru un cimitir.
În timpul Războiului Civil, oamenii au inventat trucuri pentru a-i captura sau pentru a le face viața grea americanilor care luptau de cealaltă parte a războiului. Guvernul a evaluat impozitele pe proprietăți și a insistat ca proprietarii să se prezinte în persoană pentru a le plăti. Dacă proprietarul plantației nu se prezenta, guvernul vindea terenul. Guvernul a cumpărat Arlington la vânzarea de taxe în 1864 pentru 26.800 de dolari. Doamna Lee nu s-a prezentat în persoană, ci a trimis un agent pentru a plăti 92,07 dolari din impozitul pe proprietate care era datorat pentru teren. Guvernul a refuzat să-i primească agentul, refuzând să accepte plata impozitului. În 1874, Custis Lee, moștenitor în baza testamentului bunicului său, care a lăsat moștenirea în grija mamei sale, a dat în judecată Statele Unite, revendicând dreptul de proprietate asupra terenului Arlington. După ce Curtea Supremă a Statelor Unite a decis cu 5-4 în favoarea lui Lee în United States v. Lee, hotărând că Arlington fusese luat ilegal, Congresul i-a restituit terenul. În anul următor, Custis Lee l-a vândut din nou guvernului pentru 150.000 de dolari. Custis Lee și Robert Todd Lincoln, secretarul de război și fiul președintelui Lincoln, au fost amândoi prezenți atunci când proprietatea a fost înmânată oficial guvernului.
În 2011, uraganul Irene a distrus șase copaci mari din cimitir. "Stejarul Arlington", în vârstă de 220 de ani, a căzut lângă mormântul lui John F. Kennedy.